持续抗清，与清朝对峙近二十年。
1662年，永历帝朱由榔在缅甸被俘后被杀，南明基本灭亡。
残余明朝势力逃往台湾，建立郑氏政权，继续开展反清复明活动。
由于明朝的反抗力量一直活跃在台湾岛附近，在清朝统治初期，为了对付明朝残留的抗清力量，清政府一度实行海禁政策，禁止沿海居民出洋，限制中外往来。
在台湾的反清力量降清后，清政府才于1684年解除海禁，并在厦门、广州、宁波和上海设立四处口岸，负责管理海外贸易事宜。
此后，清政府制定了一系列规定，审定船户出海资格、实行联保制度、限制船只大小和载货类型等。
对于外来船只，清政府指定停泊地点，严禁输入军火，不许久留内地，并从1686年开始建立行商制度，此时中国并没有海关。
伴随着欧洲商人走向世界的还有天主教势力。
16世纪中叶，葡萄牙人占据澳门后，传教士就不断地进入澳门，向中国人传教。
传教士一方面结合中国儒家经典介绍基督教教义，另一方面在中国传播西方的科技知识。
比如利玛窦入华之初即绘制了一幅世界地图《万国舆图》，使中国人第一次认识了五大洲。他有意地把中国放在地图的中央，迎合中国人对中华的认识。
一些耶稣会士还和中国学者一起绘制了中国地图，还有些传教士奉朝廷之命，协助制造西洋火炮。
在北京圆明园内曾有一片欧式园林建筑，俗称”西洋楼”，由十余个建筑和庭园组成，是欧洲传教士郎世宁、蒋友仁等设计指导，中国匠师建造的。
传教士在文化交流方面所做的工作的确丰富多彩，然而，随着教会在中国影响的扩大，罗马教廷开始直接干涉中国的内政。
规定不允许中国的天主教徒参加祭孔子祭祖宗的活动，甚至多次上书，要求康熙皇帝禁止中国天主教徒祭祖祀孔。
康熙皇帝坚决回拒了这种无理要求。
从此，清政府开始实行禁教政策。
由于传教士在各省传教，导致人心渐渐被煽惑；
还有部分外国人无视中国法律，为非作歹，骚扰百姓。
雍正帝担心如果大批中国人加入教会，听从教会的指挥，一旦外国侵略者大兵压境，中国就极为危险了。
1724年，雍正帝传谕禁止天主教在华活动，并下令没收教会在各地的财产。
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