清剿过程中，联军采取“恩威并施”的策略，对顽抗的日军予以坚决打击，对放下武器的日军与伪军则予以宽大处理。不少伪军见日军大势已去，纷纷投降，联军从中甄别出罪大恶极的汉奸予以惩处，对普通伪军则进行思想教育后遣散或编入补充部队。
至1940年4月初，整个江南地区的日军残部被基本扫清。此次江南光复战役，联军付出了沉重的代价：李辰与张治中麾下的20万大军损失约3万人，薛岳部伤亡3万人左右，顾祝同部伤亡4万人左右，总计伤亡10万人。但战果同样辉煌：共歼灭日军30余万人，伪军20余万人，缴获大量武器装备与物资，彻底摧毁了日军在华夏大陆的最后一支主力部队。
随着江南地区的光复，整个华夏大陆基本回到了中国人民的手中。从东北平原到南海之滨，从东海之岸到西北戈壁，除了台湾地区仍被日军占领外，所有被日军侵占的华夏领土均已收复。这是自全面抗战以来，华夏民族取得的最伟大的胜利，标志着抗日战争取得了决定性的胜利。