军轰炸机的攻击下，也受到了重创。飞鹰号的飞行甲板被炸毁，无法再起降舰载机；隼鹰号的动力系统被击中，只能在海面上缓慢地漂浮。
山本五十六看着战报，脸色铁青。他万万没有想到，美军竟然能提前识破他的计划，发起反击。此时，美军的航母编队正在向着日军的主力集群逼近，日军的舰载机已经所剩无几，根本无法抵挡美军的攻击。
“下令！佯攻集群撤退！主力集群突围！”山本五十六咬着牙下令。他知道，这场战斗，日军已经输了。
但美军并没有给日军突围的机会。尼米兹下令：“全体舰队，追击日军！潜艇部队，封锁日军的撤退路线！”
美军的驱逐舰和巡洋舰，向着日军的舰队发起了猛烈的炮击。日军的飞鹰号航母，在美军的炮火中，再次被数枚炮弹命中，彻底失去了动力，最终沉入海底。隼鹰号航母则在日军驱逐舰的掩护下，艰难地撤退，但在撤退的过程中，被美军的潜艇盯上。“鱼雷发射！”两枚鱼雷命中了隼鹰号的舰尾，隼鹰号的舰尾被炸断，沉入了海底。
日军的潜艇部队，为了掩护主力集群撤退，向着美军舰队发起了自杀式的攻击。12艘日军潜艇，向着美军的驱逐舰冲去，发射完所有的鱼雷后，便撞向美军的舰艇。美军的驱逐舰损失惨重，有5艘被击沉，8艘被击伤。
美军的潜艇部队，也在封锁线上与日军的潜艇展开了最后的厮杀。双方的潜艇在深海中追逐、攻击，爆炸声在海底回荡。最终，日军又损失了12艘潜艇，美军损失了12艘，双方的潜艇部队都元气大伤。
在中途岛海战的白热化阶段，美军列克星敦号、突击者号、大胡蜂号三艘航母的覆灭，源于日军残部的亡命反扑与水下狼群的致命突袭。
当日军四艘航母接连受创，山本五十六下令残存的舰载机编队执行自杀式反击。这批突破美军战机拦截的日军鱼雷机，悄然逼近美军航母编队。列克星敦号首当其冲，三枚九七式航空鱼雷精准命中左舷水下舰体，炸裂的破口让海水疯狂涌入，动力舱瞬间瘫痪。舰长试图下令弃舰时，舰体中部又遭日军俯冲轰炸机投下的炸弹击中，燃油舱爆炸引发的大火吞噬了甲板，短短半小时内，列克星敦号便带着浓烟沉入海底。
紧随其后的是突击者号。在规避日军空袭时，它不慎闯入日军潜艇的伏击圈。两艘日军潜艇同时发射鱼雷，四枚鱼雷中有三枚命中舰尾，直接炸断了螺旋桨轴。失去动力的突击者号成了活靶子，日军幸存的零式战机趁机低空扫射，引燃了舰
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