案的刑部主事钱凤览也被绞死。
这些做法，很值得推敲强烈表现出清廷的政治导向性，即否认此太子为真。
太子朱慈烺是代表明朝正统的第一人选。
他的存在，是对清廷的最大威胁，这个不需多言。
史学家孟森据此认为，“北太子案”中的太子为真。
顺治二年二月，太子遇害后，民心不服。有很多士民提出异议。
也有北京京郊民众借机起义（东安凤阿营祁八起义），要“灭虏扶民，救太子”，皆被清廷血腥镇压。
随后，南明弘光政权所统治下的南京，也出现了一个被认为是朱慈烺的人，这就是“南太子案”。
据谈迁《国榷》载，相传吴三桂从闯军手中得到太子，本想扶他回京即位，后因顾忌清人，“至榆河，阴逸之民间，使人导入皇姑寺，太监高起潜奔西山，太子自诣之，遂同至天津航海而南”。
计六奇《明季北略》、《明季南略》、陆圻《纤言》等略同，并说明太子是吴三桂借议和从李自成手中夺回的。
文秉《甲乙事案》认为李自成战败到永平后，太子不知下落，后来不加说明而重新露面，由鸿胪寺序班高梦箕挟之渡江南下。
这些说法与吴军夺回拥立说颇相衔接。
李清《南渡录》认为，太子是高梦箕仆人木（穆）虎南下途中偶遇，后才为梦箕本人所接纳。
《明季南略》记录“邑人口述”：无锡杨端甫在南京监管狱囚，听南太子说起过去经历。农民军破城时，他紧急逃离，因东、南、北三面“俱严兵堵截”，“遂西走，终日不得食”，“自此七日不食，转而南，遂止于高梦箕家”。
崇祯十七年（１６４４年）十二月，鸿胪寺少卿，高梦箕之仆穆虎从北方南下，途中遇到一位少年，二人遂结伴而行。
夜晚人睡时穆虎发现此少年内衣织有龙纹，故而惊问其身份，少年自称是崇祯太子。
高梦箕闻讯后将这名少年安置在苏州不久又先后将其转送到杭州、金华暂居，直到事情风声泄露。
《明季南略》记载说，高梦箕秘密奏报太子抵达杭州的消息，一并知会马士英。
“于是遣内竖李继周持御札召之。”李继周在金华谒见太子，态度恭谨。
太子到南京后，弘光又派张、王两小内侍去察看，“一见太子，即抱足大恸。见天寒衣薄，各解衣以进”。
弘光得知盛怒，“遂掠二竖俱死，继周亦赐死
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