纯药物…… 各馆需时常切磋，联合攻关。院内将设‘论学堂’，定期举办讲论，各馆博士、生员皆可登台，讲述发现，辩论疑难。真理越辩越明！”
李瑾的构想，如同投入平静湖面的巨石，在格物院内部激起了巨大的波澜，也引来了外界更强烈的关注与非议。
院内，那些原本只是凭一技之长被招募来的工匠、方士、学者，第一次感受到自己的“手艺”或“学问”，被如此郑重地对待，被要求上升到“著书立说”、“传道授业”的高度。有人兴奋，觉得找到了毕生追求的归属；有人惶恐，自觉肚中墨水有限，难以提笔；也有人不以为然，觉得多此一举，手艺靠的是手把手教，写什么书？
外界，尤其是清流士林，对格物院这套“分科授业”、“工匠著书”、“方士为师”的做派，批评之声更烈。有御史在上朝时公开弹劾，称“李瑾聚敛奇巧，变乱学统，使匠役之徒，妄议经国大道，僭越师道，败坏人心，请罢格物院，以正视听。” 更有腐儒写诗作文讥讽，将格物院比作“百工市肆”，将李瑾比作“蛊惑君心之少府监令”。
然而，这一切反对的声音，在皇帝李治的默许和天后武媚娘的全力支持下，都未能动摇格物院分毫。武媚娘甚至亲自下旨，从内库拨出一批珍贵典籍、仪器赐予格物院，并允诺对各学馆编撰的“教材”进行御览，优秀的还将敕令刊印。这份背书，分量极重。
格物院内，逐渐走上了正轨。算学馆内，赵玄默带着几位精通算学的博士和生员，开始用李瑾引入的简化数字和符号，重新推演、注解《九章算术》，并尝试整理李瑾口述的一些几何、代数新知识。沙盘和算筹的噼啪声日夜不息。
格物馆中，清玄子指挥着助手，用简陋的器材（杠杆、滑轮、斜面、水钟、简单的透镜等）设计各种实验，测量、记录、讨论，试图找出规律。虽然许多概念还很原始，但那种“实验-观察-归纳”的方**雏形，已经开始萌芽。
化机馆里，章焕和一群原本的炼丹士、窑工、染匠们，将各种矿物、药物、原料摆开，用天平（李瑾指导制作的简易天平）称量，用炉火煅烧，用器皿溶解、混合、沉淀，记录下每一次变化的颜色、气味、状态，试图分类。虽然离真正的化学还很远，但已开始摆脱纯粹的经验和玄学描述。
地舆馆的观测台上，架起了新制的青铜大型象限仪和简仪，日夜观测星象。绘图纸上，越来越精确的大唐疆域图、沿海图正在绘制，对倭国、新罗、渤海等地的地理信息也在不断补充修正
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