此战，二十万反贼被歼灭数万，剩下的或者临阵投降，或者被俘虏。十多万俘虏被收缴了武器，安置在内城清凉山以北的军营。如何处置这十多万俘虏，着实让人头疼。
杀掉是不可能的，毕竟是十多万人，朱由检平日里又自诩圣君，自然不可能做出杀俘之事。而且在朱由检看来，大部分俘虏只是毫无见识的农民，或逼不得已或被人蛊惑携裹，才加入了贼军，其错根本不在他们。
故朱由检决定，先把俘虏中的将领军官和普通贼兵分隔开来。然后让普通贼兵揭发将领军官们的罪行。罪大恶极的将领军官，无论其是否主动投降，尽皆处死！至于普通的贼兵，皆免其罪责。
经过一番甄别审讯之后，约有千余反贼军官将领被揪出来处死，剩下的便只是普通贼兵。对剩下十多万人的处置，同样是一个问题。
直接放回是不可能的，十多万人全部释放，让他们自己返回江西，且不说他们回去后会不会被江西反贼重新征召入伍，再就是回去的路上，必然引发很多社会问题。失去控制的乱兵，在回去的路上做出什么样的事情都有可能。
经过慎重考虑后，朱由检决定，暂不放回这些人，而是从这些人中征兵，在南京组建江南禁卫军，初步决定，招募组建十万禁卫！