十五万大军中，南京新编练的禁卫新军十万，剩下的五万则是刚刚从辽东赶到南京的辽东禁卫军，由刘永福、刘兴祚、李延庚等将率领。
朱由检下旨，以福建海防参将郑芝龙为先锋，统率三万水师为先锋，顺江而下先行，自己亲率剩下的军队为中军，水陆并发，向着江西进发。
郑芝龙率领战船两百多艘，逆流而上，铜陵、池州等叛军控制的城池皆不战而降，很快便经过安庆，到达九江城外。
从长江进攻江西，有两个进攻方向，一个是经鄱阳湖入江口进入鄱阳湖，然后从鄱阳湖直接进攻南昌。然而叛军重兵防守鄱阳湖，走水路的话必然要和叛军水师血战。而叛军在湖口两岸皆修筑了炮台，强行突破湖口的话必然会遭到其炮火猛烈轰击。
另一个方向便是九江城，若是能打下九江城的话，便可以经九江走陆路进攻南昌。
郑芝龙率领的是水师，一开始自然想的是经鄱阳湖进入江西。然而他率军向湖口进攻时，遭到了叛军的猛烈炮击，一个时辰的时间，五艘江船被轰沉，损失惨重。
当然水师的火炮也展开了反击，郑芝龙麾下有五艘海船，装有红衣大炮三十多门，火力非常强大。然而叛军的炮台位于湖口两侧山上，对方可以居高临下轰击，船上的红衣大炮却根本射不了那么高。
眼看强行进入湖口损失太大，郑芝龙仔细想过之后，决定先打下九江城。九江是江西重镇，是叛军除了南昌以外最重要的城池，只要拿下九江，便能断绝湖广和江西的联系。从九江南下，便可走陆路进攻南昌。到时叛军在鄱阳湖兵力再多，也没有太大用处。
于是郑芝龙放弃湖口，陈兵于九江城外，以红衣大炮对九江展开猛烈攻击。
九江城临江而建，背面城墙距离江道只有不到二里，正在红衣大炮射程以内，郑芝龙都不用把红衣大炮从海船上卸下，直接在船上就能炮轰。
三十门红衣大炮轮番开火，炮弹飞跃长空落到九江城上。然而九江城太过坚固，没有数日时间恐怕难以破城。
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朱由检下旨，以福建海防参将郑芝龙为先锋，统率三万水师为先锋，顺江而下先行，自己亲率剩下的军队为中军，水陆并发，向着江西进发。
郑芝龙率领战船两百多艘，逆流而上，铜陵、池州等叛军控制的城池皆不战而降，很快便经过安庆，到达九江城外。
从长江进攻江西，有两个进攻方向，一个是经鄱阳湖入江口进入鄱阳湖，然
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