跟随朱由栋很久了。朱由栋又道：“由于晋王一直领兵，现在也没办法顾忌朝廷，当初给了一个兵部尚书。后来领军也没有多加处理朝廷政事，我看就调重庆知府彭振翮入朝，担任兵部侍郎，主兵部尚书事。”
张煌言道：“殿下，重庆知府彭振翮的官声，在重庆确实不错。但是他并不懂兵事，贸然让他来主持朝廷兵部事宜，怕有些不妥啊。”朱由栋道：“没事，以后朝廷兵部，主官的是全国兵力辎重，督促各地军需储备。对于兵力调动，还有军队指挥，让大都督府管辖就是。”
扶纲一听，忙道：“殿下，这不和朝廷体制啊，如果让大都督府主管军队调动和指挥。这样一来，朝廷兵权，岂不是划出了朝廷之外？”朱由栋道：“对，以后主战的军队，都不归朝廷管辖。直接由大都督府管辖，然后由我亲自调配，朝廷兵部能指挥的是各地省道州府的驻守军队。”
朱由栋继续解释道：“任何一地有战事起，所有的军队，都归主战将领指挥。主战指挥将领，只听命于大都督府的调遣，地方任何人不得对军事行动做出干预。”钱谦益道：“殿下，这样一来，军队岂不是干预了地方政事了。”
朱由栋道：“军队当然不能干预地方政事，也不得插手地方政事。地方驻守军队，平时接受布政使和兵部的指挥，负责地方治安，剿匪。当地方驻守军队不能剿灭的时候，在上报朝廷。然后由大都督府调集军队在进行剿灭。”
朱由栋见众人不明白，朱由栋道：“也就是以后大都督府，负责所有的主战军队。兵部负责地方驻守军队。看你们也不明白，主战军队以后改称野战军队，负责抵御外敌，保护国家边疆。这样的军队，只归大都督府调动。”