州的操江水师用的船只，一部分被林兴珠带去了淮安，一部分留守在南京，被张煌言送去船坞仿造去了。
七月二十七，朱由栋带着彭昌宝和两千亲卫，赶赴滁州。邓凯率领的一万亲卫军，则驻守南京，保护南京城里的朝廷官员和家眷。这也算是复明军最后的后备军了，不到万不得已，是不能动的。否则南京城里，不知道有多少人会蠢蠢欲动。
朱由栋跟周大柱汇合后，全军又背着面粉赶往定远。至于为什么要背面粉，朱由栋没有解释，周大柱也没有问。经过两天行军，终于来到了定远。这时候，从淮安赶来的王庆，也在定远等候了。卫都带领着八旗兵，也一同来到了定远。
朱由栋了解了军情后，发现清军根本就没有南下，反而是一直在叙州逗留。朱由栋不知道清军到底是为什么没有立即南下，现在也没有闲心去思考。因为现在凤阳的援兵已经来了，想要短时间攻下凤阳，恐怕是不可能。
朱由栋看着沙盘，对众人道：“现在清军为什么没有南下，我们不清楚。但是如果我们不能攻下凤阳，清军必定会走凤阳南下。我的防御重点，应该是放在凤阳一线了。估计清军走淮安南下的可能性，已经很小了。而且本来我们是要对凤阳北边地区，进行坚壁清野的。现在百姓也没有迁走，清军必然抓这些百姓来冲阵。这也增加了我们防守的难度，清军也必然不会放过。”
周大柱道：“殿下，我们这里现在有一万骑兵，要不让他们去强行把百姓迁走。这些地方虽然百姓不多，但至少也有几万人。而清军本来就三十万大军，如此一来，我们本来就兵力不够的情形下，恐怕更加难以守住了。”
朱由栋道：“迁走百姓，还是要去做的。这也不光是我们防守，也是为了让他们活命。真要被清军抓来冲阵，那时候，我们也不能手软。他们留下就只有死路一条，尽量的把他们迁走吧。”