万历皇帝既然亲自过问，通政司自然不该怠慢，马上就把叶梦熊的奏章送到了司礼监。
万历拿到叶梦熊的奏章，仔细阅览了一番，叶梦熊把叶小天的所作所为以及他评估的由此将会产生的影响，都详细写在了奏章上，他建议皇帝对此事不妨高高举起轻轻放下，因为叶小天这个人对朝廷经略西南有不可替代的重要作用。
然而万历皇帝已经把叶小天视为他得到夏莹莹的最大障碍，如今既有机会治他的罪，又岂肯为他开脱？经略西南，万历当然在意，但他自负英明，相信少了一个叶小天，西南也依旧会是他的囊中之物，自然不想为此放过叶小天。
万历看罢叶梦熊的秘奏，只是淡淡一笑，吩咐三德子道：“明日早朝结束，把内阁及三法司留下。”
次日早朝已毕，三德子把内阁众阁老以及都察院、大理寺和刑部的官员都留了下来。万历面沉似水地吩咐道：“三德子，把叶巡抚的奏章念给众卿听听。”
三德子展开叶梦熊的奏章，声音朗朗地念起来，刚刚念完叶小天与张家、杨家、展家以及曹家结怨的经过，还没念到叶梦熊的分析与判断，万历皇帝便重重地一拍御案，沉声喝道：“胆大包天！众卿以为，叶小天该当何罪？”
大理寺卿王季一见皇帝龙颜大怒，马上知机答道：“臣以为，纵然是张、杨、曹、展四家挑衅在先，叶小天擅用私刑，亦属目无王法，理当惩诫。可依照旧例，降其官职，以警效尤！”
万历皇帝重重地哼了一声，又转向刑部尚书叶鲁波，问道：“叶卿以为如何？”
叶鲁波一瞧皇上的脸色，就明白王季的回答皇帝并不满意，马上答道：“臣以为，当彻底免去他的世袭土官之位，罢黜为民！”
万历皇帝依旧不满意，他冷冷地扫了一眼顾倾城，问道：“顾卿以为如何？”
经筵一事后，顾倾城变得非常谨慎，便斟酌地答道：“臣以为，应罢黜其世袭土司之职，流放三千里，贬为戍边罪卒，赎其罪过，如此方可保全朝廷体面、安抚贵州众土司。”
万历皇帝轻轻吁了口气，扫了申时行等人一眼，问道：“众阁老以为如何？”
申时行圆滑地答道：“律法之事，乃三法司之责，老臣不敢置喙！”
万历沉声道：“既如此，便依三法司合议之结果，将叶小天立即拿问下狱！”
叮叮当当地一阵镣铐声响，叶小天披枷戴锁地进了天牢。玄字一号监是他从小生活的地方，如今他又回来了，只不过以
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