情后，朱慈烺好不容易在上次抚恤一事中抄家抄到的近两百万两银子又全部用做一空了，国库再次空得能够饿死老鼠，好在军制革新终于得以顺利推行下去。
一个月后，以十二个常备军和十八个守备军为大明主要的军事力量正式确立。将领职称以应龙军为参照，依次设立军长，参将，千总，百总，旗总，什长等基本领导职务。
十八个守备军自然是以分散守备地方为主，军长几乎没有任命，而十二个常备军当中，六个应龙军，第一军被派往徐州防备清军，第二军被派往湖北武昌随时策应四川的秦良玉和河南的红娘子，另外四个应龙军和六个还以冷兵器为主要配置的普通明军则全部聚集在南京城周围随时待命。
经过这次革新，大明军队调度的灵活性大增。同时，为了提高普通明军的战斗力，朱慈烺下旨抽调不少应龙军前往教授应龙军的基础训练方法，最后更是让那些被调过去的应龙军士兵直接留在了原地成立执法队，专门执行军法，至此，大明所有大军都全部被朱慈烺牢牢掌控住，令行禁止。
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