人口回援北方的事情已经有条不絮的在开展，进行的极为顺利。
接下来，朱慈踉要对大明军队再次进行改革。
别看大明军队的军制已经很领先于世界，但北伐之时，朱慈踉还是发现了不少弊端，需要改进。另外，北伐不仅收复失地，同时也带回来了近二十万的归降军。
北伐之前大明便有十六个正规军，二十二个守备军，共七十六万大军，北伐之后，算上带回来的近二十万归降军，大明麾下大军已经近百万。
新军制的改革朱慈踉也是跟李岩商议出来的，朱慈踉抄袭了部分现代军制。
经过了上一次的军制革新的铺垫，这一次军制革新虽然变化更大，但并没有引起多少混乱。
新军制取代原先的军长，参将，千总，百总，旗总，什长的旧军制，改为现在的军长，师长，团长，营长，连长，排长，队长。一队为二十人，四队为一排，领八十人。三排为一连，领二百四十人。四连为一营，领九百六十人。三营为一团，领两千八百八十人。三团为一师，领八千六百四十人。两师为一军，每个军有普通士兵一万七千二百八十人。同时营以上，每个营另外配属四门野战大炮，每个军总共七十六门野战大炮，也就是每个军算上另外配属的炮兵，人数仍然是足额两万人。
当然，野战大炮仅配属正规军，守备军是没有的。
改建之后，大明正规军增加到二十个，守备军三十八个。正规军全部设军长，守备军大多不设军长，并且几乎没有配属的大炮。
军制革新之后，朱慈踉又将正规军军长的品级上调，并且也进行一部分调整。
守备军军长的品级仍是正三品。新正规军军长品级有所不同，为从二品始，而后视军功战绩升迁，最高为正一品军长，品级高者可统帅下属各军，比如一场大战，若是有两个军参加，有一人是从二品军长，另一人是正二品军长，那么这两个军的主帅在正常情况下便是那名正二品军长。
应龙军番号取消，不过六个应龙军仍排在首列，占据第一军到第六军的番号。
原先的六个应龙军军长，每一个都战功赫赫，其中第六军牛永胜被封为正二品军长。第一军纪锋，第二军周曹，第五军张魁山，三人被封为从一品军长。第三军黄得功因为资历最老，加上原本就有爵位在身，以及第四军阎应元多了收复台湾，征战南洋，渡海收复辽东和满洲各地的大功，二人被封为正一品军长。
另外，四川的川贵总督秦良玉为大明
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