在藏书阁的门楣上挂着“清虚自守”的匾额，不时有温润流光从匾额上划过，令人观看之人在霎时间便有凝练心神、头脑清明之感。
藏书阁以修为划分层数，一层陈列的都是筑基期可查看的书简，二层和三层是金丹期能阅读的内容；而元婴或之上的阶段则可去最高两层。如此设置的目的，是防止低阶修士越级修炼心法或术法。
玄天门刚创立之时，并没有这样区分，后来有位筑基弟子，偏要修习一门金丹期才可驾驭的法术，结果落了个入魔成痴的下场，最后他师父亲手清理了门户，这件事才算了解了。可那师父不知道受了什么刺激，在那之后修为再无存进，一生都困于金丹中期。
此后，玄天门便改了藏书阁的规矩，只允许弟子阅读自身修为或以下的书简内容。
藏书阁由四位金丹师叔轮流值守，每两人值守，三个月更换一次。一层的书简可随意拓印，并没有什么特别的限制，而二、三层则需要报备值守的金丹修士才可拓印，而且每次不可超过五份。这样的设置也是怕有人贪多求快，到时候恐怕会坏了修行的根基。
进入藏书阁，里面的布置跟商陆想象中的完全不同。