把华佗押解交付许昌监狱，经审讯验实，华佗供认服罪，在狱中被拷问致死。另一种说法是：《三国演义》中曹操让曾经为周泰疗伤的名医华佗来给他治疗多年的头痛，但华佗认为曹操的病需要劈开头颅，喝下麻沸散麻醉，动大手术。多疑的曹操认为华佗是想趁机杀害他，便以行刺的罪名将华佗关押拷打致死。但无论如何，曹操杀害他这个老乡的事实确实是存在的。
华佗医德高尚，十分同情穷苦百姓，他不愿做官，宁愿到处奔波，为人民解脱疾苦。《后汉书》记载荀彧曾评价华佗时说：“佗方术实工，人命所悬，宜加全宥。”
罗贯中先生有诗叹华佗曰：
“华佗仙术比长桑，神识如窥垣一方。惆怅人亡书亦绝，后人无复见青囊!”