门。吏部尚书还被称为天官。
户部。
掌全国疆土、田地、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜。
其内部办理政务按地区分工而设司，明十三司：河南、山东、山西、陕西、浙江、江西、湖广、广东、广西、四川、福建、云南、贵州。
各司除掌核本省钱粮外，亦兼管其它衙门的部分庶务，职责多有交叉。除以上各司外，清还设有掌管八旗事务的八旗俸饷处及现审处。隶于户部的机构有:掌铸钱的钱法堂及宝泉局。
掌库藏的户部三库。
掌仓储及漕务的仓场衙门。类似现在的民政部、财政部、国土局等部门。
礼部。
掌典礼事务与学校、科举之事。考吉、嘉、军、宾、凶五礼之用。管理全国学校事务及科举考试及藩属和外国之往来事。
礼部下设四司，明清皆为﹕仪制清吏司，掌嘉礼、军礼及管理学务、科举考试事；祠祭清吏司，掌吉礼、凶礼事务。
主客清吏司，掌宾礼及接待外宾事务。
精膳清吏司，掌筵飨廪饩牲牢事务。四司之外，清设有铸印局，掌铸造皇帝宝印及内外官员印信。
会同四译馆，掌接待各藩属、外国贡使及翻译等事。类似现在的教育部、文化部、外交部等部门。
兵部。
明职掌全国军卫、武官选授、简练之政令。清职掌全国绿营兵籍及武职官员的机构。
职掌内外武职官员的除授、封荫之典，乘载、邮传之制，甄核、简练之方，士籍、军实之数。
兵部下设四司﹕武选清吏司，考核武职官员的品级与选补、升调、承袭、封赠诸事，并管理土司。
车驾清吏司，掌全国马政及驿传等事；职方清吏司，掌武职官员的叙功、核过、抚恤、军旅之简阅、考察、巡防等事，并管理关禁与海禁。
武库清吏司，掌全国之兵籍、军器并武科考试之事。此外，清设稽俸厅，掌稽察武职官俸。
会同馆，管理京师驿传事务。捷报处，掌递送文书。类似今天的国防部，中央军委及其各军事机关。
刑部。
为主管全国刑罚政令及审核刑名的机构，与督察院管稽察、大理寺掌重大案件的最后审理和复核，共为“三法司制”。
类似现在的司法部和公检法部门。
工部。
为管理全国工程事务的机关。职掌土木兴建之制，器物利用之式，渠堰疏降之
…。。