抗战期间军统局曾多次刺杀投日的军政人员，如暗杀张啸林、唐经，暗杀未成的有殷汝耕、季云卿、汪精卫、周佛海。而隶属b的各个“游击司令部”和“交通警察大队”则深入日寇占领区开展广泛的游击战，对打击日寇和汉奸，起了不小的作用。
同时，军统也对**进行收集情报和暗杀，如1940年8月13日，**陈昭礼少将（全国战地动员委员会委员）在崇安吴公岭被事先埋伏的军统特务杀害。
也有一些军统人员投降日本，日本占领区的重要特务头子大多来自军统中统，如李士群、丁默村等。
军统局的组织形式是局-区-站-组-队，有的地方设有相当区、站的办事处。组是军统局特工组织的基本单位。由于任务不同，组又分普通组、潜伏组、行动组、策反组、随军组、防谍组、组等。每组通常由十人左右组成。
军统局内勤组织共有八处、六室、一所；外勤组织在各大城市设·
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