甲贺武士们利用山里的地形，不断的发动各种奇袭，有时候又借着夜幕的掩护潜入义尚的本阵放火，放烟，给幕府军吃了不少苦头.这场战争一直没分出胜负，到了1489年，义尚在阵中去世，前后历时三年时间的战争终于结束，六角家生存了下来.这一战，神出鬼没的游击战和高强的战斗，使甲贺武士之名传遍全国.参加了这一战的甲贺五十三家的地侍们被称为"甲贺五十三家"，直到甲贺地方被织田信长席卷为止，他们都在六角的手下进行谍报工作和战斗.
日本战国时代（1470年至1571年，也有到1615年的说法）以来就是忍界的王者，与临近的甲贺并列于顶峰的存在.伊贺位于大和国（国，古代日本地方行政单位，相当于中国现在的省）伊势国（今奈良县），伊贺国的交界处.主要侍奉德川政权，在幕府将军德川家康44年的创业历程中立下了汗马功劳.其势力哪怕在京都都有深远的影响，因而历来为统治者所忌惮，1581年，当时天下的霸者织田信长终于展开了对伊贺的大规模清剿，进行了人道灭绝的屠杀，伊贺忍者平民僧侣等死伤三万人以上，史称"天正伊贺之乱".这使伊贺在后来的很长时间中元气大伤.1604年，德川幕府建立，伊贺中作为其背后的组织也达到了鼎盛，不过在德川时代中期，伊贺内部因生存理念不同而发生了分裂和内讧.
在伊贺，有一座行基开设的叫“伊贺四十九院”的寺院。这里以供奉着弥勒菩萨的本堂为 ... ［本章未完，请点击下一页继续阅读！］