安南王师，则在赵从真、郑泉人的率领下，向西翻越高原，进讨文、万二州，意图剿尽残寇，为安南朝廷彻底清除那两颗顽疾。
而这个过程，前前后后，持续了三年之久。原因是多方面的，既有二侯经营日久，占据地利，守备顽固，但这显然是次要。
主要原因有二，一是见大胜之后，交趾朝廷内部又斗了起来，出现了一些扯后腿的人；二则是，经过二侯叛乱，再度引发了安南国内那些常年饱受压迫、且对汉族仇恨不满的土着下民的叛乱，祸连州县，交趾在围攻文、万二州的同时，还得将大量精力放在对各地叛乱的剿除上。
此前，刘继元还专门遣使联络那些洞族、蛮部，许以重利，诱其举叛谋乱，响应他的大军......
但不管过程显得有多拖拉，在交趾铁了心根治顽疾的情况下，文、万二侯走向覆亡，也是迟早的事。刘继初先扛不住压力，于正统二年九月，即出降郑泉，连同全族即僚属，被解往交趾问罪，念其主动投降，刘继丹只下令处死了刘继初本人，至于其家人后代，留了一命，废为庶民，赶出安南。
相比之下，刘继元骨头要硬很多，面对赵从真大军的围困，死不投降，依托文单坚实的城防以及囤储多年的钱粮，与之周旋硬抗，甚至还不时发起反击，数次打破了赵从真的围攻，迫其后撤重整。
如此，一直拖到正统四年春，又坚持了一年半的刘继元，终于在内外交困，无以为继的情况下，被赵从真彻底击破。
由于这种冥顽不化的反抗，激怒了赵从真，也惹恼了交趾朝廷，最终刘继元全族女眷及子孙数十人，悉数被诛杀，刘继元本人的尸体，还被挫骨扬灰，意欲使此悖逆无道之徒，永世不得超生。
于正统二年至四年发生在安南国内的这场叛乱，其影响是深远的，意义是重大的。这是一场由宗室掀起的叛乱，也是从此之后，在南洋诸国，王室之间的争斗明显多了起来，激烈了起来，分封体制下，那些有粮有钱有兵的公侯们，也掌握着随时发动叛乱的能力。
同时，这种同室操戈的局面，也逐渐血腥起来，也是以刘继元全族被诛为开端与标志。虽然同根同源，甚至同种，但在百年数代之后，所谓血脉相连，也只是一种形容词了，远比不上权力、利益更动人心。
可以说，“二侯叛乱”，就像打开了一个潘多拉魔盒一般，负面影响不断向周遭扩散，深刻地影响着整个南洋地区，也促进南洋封国历史向下一个阶段转变。
而于安南国内而言，影响
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