指导、交流、配合等方面，有着极为密切的联系。第100部队由关东军司令部以高桥隆笃中将为部长的兽医部指导，但同时第731部队长北野政次中将、伪满大陆科学院马疫研究处处长安达诚太郎也负有指导之责。如马疫研究处，它成立时接受过关东军的援助，而成立后则根据关东军的命令向第100部队提供炭疽、鼻疽等研究材料、血清、器具及技术人员等。据安达诚太郎供认：“我每月也去关东军兽医部一两次，虽不是直接领导，但在谈话中也曾指示我如何做等。”他说：“成立马疫研究处时，关东军曾经援助过。以后，关东军还命令马疫研究处供给100部队研究材料。”“我供应100部队菌苗，从1938年开始到1942年我调转为止。供应菌苗的种类有炭疽、鼻疽、腺液、媾液等四种”。“从1937到1940年，根据关东军的命令，的血清，供应了并河和高岛部队。”“从1938年至1941年，高岛、并河部队到海拉尔、洮南、克山等地购买军马时，我根据关东军的命令，派技术人员帮助检验鼻疽和炭疽预防注射工作。”“1940年前后，因玻璃器具缺乏，培养细菌需要硬性玻璃，100部队只有钱没有货，我就给了他们相当数量的硬性玻璃器具。在若松任部长时，我曾给他介绍过细菌学者，如横堀畜产司长、新美畜产兽医大学校长、武富兽医学校校长等。”
第100部队与第731部队，是日本天皇、政府和军部的侵华战车上以“准备细菌战”和“对策”为目的两个车辆。两者都是九一八事变后侵驻中国的东北，同时于1936年根据日本天皇的敕令成为正式部队开始活动，在七七事变后于1938～1940年，第731部队迁入平房镇，第100部队迁入孟家屯，进行了大规模的扩编与新建设施。它们是准备和实施细菌战的一对孪生兄弟，其本部、支队、各军团军医部及兽医部，以及与伪满的有关卫生机构相互配合，在中国东北构成了庞大的细菌战体系，并成为侵华细菌战的大本营。
前边已经提到，关东军第100部队日以继夜地加紧研究和制造炭疽菌、鼻疽菌和牛瘟、猪瘟、羊瘟病毒及植物锈菌等大量杀害牲畜、植物的细菌武器及其传播方法，同时研究由畜类大量传染杀伤活人的途径和方法。
在战局日趋不利的形势下，第100部队长若松侑次郎少将多次强调：“第100部队应当成为大量生产各种细菌和烈性毒药的工厂，以便进行破坏性的细菌战”。1943年10月，关东军司令部兽医处长高桥隆笃中将、第100部队长若松侑次
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