到三楼实验室后，便安置在床上。翻译告诉他不要害怕，并告诉他穿白大褂的人是医生，是到南京来“用药给你治病”的。然后，趁受害者不注意，“医生”迅速给受害者注射蛇毒、氰氢酸或其他毒物，一个“犯人”刚刚被注射完就瘫了，而他的心脏要过几分钟才能停止跳动。如服药实验：为了验证亚砷盐酸能引起心脏跳动理论是否正确，细菌实验者给受害者喂掺入亚砷盐酸的馒头，但受害者并未病倒。沮丧的实验者又增加了剂量，但仍然毫无反应。最后，实验者丧心病狂地将剂量增加到10倍。就是这样的活体实验，南京细菌部队在存在的6年内每周都在进行着。据美国专家哈里斯估计，因实验而死亡的人数至少是1200人。除了在细菌战方面进行活体实验以外，1644部队还在化学战方面进行活体实验。1644部队有一个带观察窗的毒气室进行人体实验。日本研究者为了验证氰氢酸是一种具有潜在效力的化学武器，便把“犯人”带到毒气室里，绑在椅子上。一位“医生”戴着防毒面具进入毒气室，打开盛着氰氢酸的容器的封口，然后记录实验对象临死前的痛苦形状。
1644部队作为细菌战网络中第三个主要的环节，它的主要职责是生产病原体，在俘虏身上实验这些产品，同时它还积极参加了石井四郎在浙江进行的三次最负恶名的细菌战实战实验。这三次实战实验，均是与东北731细菌部队一起进行的。1940年10月4日，日机在浙江衢州投撒了混有染上鼠疫的“人鼠共同蚤”的麦粒、粟子等物。38天后，该地区22名鼠疫患者都不治而亡。22日，日军又在宁波上空投撒了染有鼠疫苗的跳蚤和麦子、棉花等物。此后，该地区发生鼠疫，99人染患，仅有两人被治愈。同年，日军还在金华等地投撒了鼠疫苗，造成鼠疫蔓延。1942年春，1644部队与731部队在浙赣地区进行了一次最大规模的细菌战。方法与上两次空投不同，但更为阴险。这一次，日军将细菌投入水井、沼泽和民房，还特制了一部分“蛋形、长扁形的饼干”，染有细菌，然后让士兵向中国人分发。由此造成鼠疫的大爆发，据浙江省史料记载，从1940—1944年，仅浙江省就有136万贫民死于鼠疫等细菌感染的疾病。1941年春，日本为了破坏中国军队控制的重要枢纽常德及交通沿线地区，又派出了第二批远征队，用飞机撒有鼠疫的跳蚤，引起该地区发生鼠疫，400多人死亡。
日军在中国的最高司令部向各个细菌工厂发出了就地销毁的命令，南京的1644部队忠实地执行了这一命令。他
…。。