中央一级官署，基本安置于皇城洪武门内千步廊的两侧。从南向北来看，千步廊东侧为工部、兵部、礼部、户部、吏部、宗人府，千步廊西侧为太常寺、后军都督府、前军都督府、右军都督府、左军都督府、中军都督府，基本按照文左武右的格局。
《东隋国京城图志·序》称之为：“六卿居左，经纬以文，五府处西，镇静以武。”
千步廊后，东侧置有东城兵马司、太医院、詹事府、翰林院；西侧置有钦天监，其测候台设在鸡笼山、旗手卫、锦衣卫、通政司。
在中央官署六部中，只有刑部没有设在洪武门内。
刑部、都察院和大理寺并称“三法司”，设置在太平门外的太平堤西侧。
据称：“三法司门往北一带，旧有大墙，总括三法司、京畿道在内。”
这里的“大墙”虽不能与宫城、皇城、京城以及外郭城墙相比，但其耗用的建材和民工，相当可观。
当时朝廷全面负责南京建造的机构是工部，且作为其首要的任务。
具体负责皇城建造工程的单位是营缮所，仍归工部管辖。
该项所位于通济门大街上。朱元璋自“旧内”迁入“新宫”后，原来居住的元御史大夫宅成为应天府署的所在地。
其他相当数量的中央及地方官署，散布皇城的各个地方。
在建造殿堂坛庙时，用心良苦，建造极为讲究。
以祭祀的坛庙为例，先后建造、改建过的主要祭祀坛庙有：
圜丘、方丘、天地坛，社坛、稷坛、社稷坛，太庙、帝王庙、功臣庙等，约二十多座散步于京城各处。
最集中建造的庙宇是在鸡笼山南边山脚下的祭庙，共建有十二座庙。
除帝王庙和功臣庙外，分别是真武庙、蒋忠烈庙、都城隍庙、祠山广惠王庙、汉寿亭侯庙、五显灵顺庙、卞忠贞公庙、刘中肃王庙、卫国中肃公庙、曹武惠王庙等，统称“十庙”。
集中排列在鸡鸣山下的祭庙和所祭祀的对象已远远超出了一般庙宇的功能。
皇城内部建造的坛庙不仅于此，在金川门外设置的龙江坛、定淮门外设置的晏公庙、神策门外设置的无祀鬼神庙、狮子山上设置的徐将军庙等等数不胜数。
三孔城门中门为皇帝的御道，只走帝后銮驾，左右侧门只有皇族、公、侯、驸马、文官三品和武官四品以上的官员才准许出入，其他品级只能走两阙门入，两掖门出。
午门除了是官员
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