除名，用私人许显纯来代替他。这时御史李应升就内操的事进谏，给事中霍守典因魏忠贤乞求祠堂匾额而进谏，御史刘廷佐以魏忠贤滥加荫封进谏，给事中沈惟炳以设枷锁进谏，魏忠贤都假传圣旨给予斥责。于是副都御史杨涟非常愤怒，弹劾魏忠贤二十四大罪。
奏疏上呈后，魏忠贤害怕了，向韩火广请求调解。韩火广不答应，他便跑到朱由校面前哭诉，并辞掉东厂职务。而客氏从旁为他解释，王体乾等人也一起护着他。朱由校懵然不辨真相，便温语安慰他，而在第二天打回杨涟的奏疏，痛加斥责。杨涟既被斥责，魏大中以及给事中陈良训、许誉卿，抚宁侯朱国弼，南京兵部尚书陈道亨，侍郎岳元声等七十余人，纷纷上奏魏忠贤的不法之事。
叶向高和礼部尚书翁正春请将魏忠贤遣回私宅，以平息公众的指责。
那时，魏忠贤很气愤，想将异己者全部杀掉。顾秉谦便偷偷地把魏忠贤所忌恨的人记录下来，交给他，让他逐个将他们贬斥。王体乾又倡议用廷杖，威胁廷臣。不久，工部郎中万火景上书指责魏忠贤，立即被杖死。魏忠贤又借御史林汝翥的事侮辱叶向高，叶向高因此辞职而去，而林汝翥也被杖打，廷臣都很恐惧。
一时间被罢斥的有吏部尚书赵南星、左都御史高攀龙、吏部侍郎陈于廷以及杨涟、左光斗、魏大中等前后数十人。
其后又驱逐韩火广和兵部侍郎李邦华。
正直之士离开朝廷，就如摇动枯树纷纷落下的叶子一样。
魏忠贤于是假传圣旨用旧例转科道官员。
以朱童蒙、郭允厚为太仆少卿，吕鹏云、孙杰为大理寺丞，恢复霍维华、郭兴治为给事中，徐景濂、贾继春、杨维垣为御史，而起用徐兆魁、王绍徽、乔应甲、徐绍吉、阮大铖、陈尔翌、张养素、李应荐、李嵩、杨春懋等人作为他的爪牙。
当初，朝臣争论三案以及辛亥、癸亥这两年的京察和熊廷弼一案，魏忠贤本没有参预。
其党徒想凭借魏忠贤的权力排挤那些正直之士，便相继归附魏忠贤，自称义子，并且说：
“东林党将要害您老人家。”
因此，魏忠贤也想自图快意。御史张讷、倪文焕，给事中李鲁生，工部主事曹钦程等，竞相打击报复好人，而御史梁梦环又重兴汪文言一案，将他下到镇抚司拷打至死。
许显纯编录囚犯供辞的文书，词语连及赵南星、杨涟等二十余人，使他们或被撤职或被遣戍。
又逮捕杨涟、左光斗、魏大中、周
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