相对于吞并大草原所用的时间，将日本纳入周朝领土则要提前得多。在打开了日本的门户，签署了条约之后，大批中原商人到日本开店谋生，并逐渐控制了日本的经济命脉。
而这个时候的日本，对于中原化是非常崇拜的。他们的风俗、字都还没有形成。周朝商人的大批涌入，在化上进行渗透，他们不但不抵触，反而力吸取和接受。
对于这一切，日本的天皇自然是大为不满，因为这已经威胁到了自己的统治。如果任由这种状况发展下去，会让日本从此消亡。
所以，他便集合了一批大名，调集军队驱逐了周朝的商人和使者，企图和中原断绝往来。
这一来，却是正好给了宇明开战的借口。他立刻便将从北方退下来的大批周军派往日本作战。
这时的日军总共也不过十几万军队，而登陆进攻的周军却达到了十万之多。
在周军水师和骑步兵齐头并进的情况下，日军接连败退，很快就退到了京都附近。而这时，周军水师又从海面上炮轰京都，将全城几乎夷为平地，天皇也被炸死。
在粉碎了日军的抵抗之后，周军开始分散进驻日本各地城池。早已经准备好的周朝官员也都陆续被派往日本各地，担付起管束日本平民，建立新的地方政权的工作。
这种治理外国地方的工作，已经有了充分经验的长孙无忌和宋金刚可谓驾轻就熟。
他们下令将日本全国按中原的传统，分为郡和县两级行政区域。郡知府设在京都，各县县令则驻在原日本各大名的城池内，知府和县令均由日本人担任，以消减日本人的抵触情绪。
不过，这些担任地方长官的日本人，却都是家中和汉人通婚，或者从小就在中原长大，能说流利汉语，心向周朝的日奸。而真正对地方有威摄作用的留守一职，却由周军的驻军军官担任。
同时，长孙无忌亦看到，日本的各大名领地之间，由于以前的内战，相互都看不顺眼，他亦把在新罗和济用过的方法搬了过来。故意让原北条家投降的家臣去担任原浅见家领地的县令，又让毛利家族的家将去担任织田家族的地方官员。
这样一来，双方自然就矛盾重重，而当矛盾激化到一个临界点时，长孙无忌再以自己委派的官员来取代那些激起大民愤的地方官员。让当地平民深深感受到，还是天朝上国派来的官员爱民如，和蔼可亲，连收的地租和税收也少许多。
在日本的局势开始稳定下来之时，宇明才开始实施他的改造计划，下令在
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