朱由检率领三千轻骑昼夜兼程，仅用了一天半时间，就从山海关返回京师。也不容他不抓紧时间，因为自从偷着离开京师至今，已经过去了将近一个月。
原本他没想离京这么长时间，可节外生枝的皮岛之行就耽误了十天，从大凌河、锦州突围后，不敢走辽西走廊，翻山越岭慢了四五天，再加上在山海关应对鼠疫又花费了几天，将朱由检原来的计划都打乱了。
还在山海关时，朱由检就已经从飞鸽传书中得知，自己偷来山海关的秘密已经泄露了。这也是没办法的事情，皇帝一连这么多天不露面，如果朝中没有大事，还勉强说得过去；可是后金军突然大军进攻，辽东、蓟州、天津等地当然要向朝廷告急。出了如此大事，若是再以皇帝有恙为由对群臣避而不见，那就实在不像话了。
事实上，已经就些性急的大臣在东华门外以死相迫，一定要皇帝上朝商议抗虏之事。皇后蕊儿眼见要闹出人命，万般无奈之下，只得亲口承认：皇帝早已亲赴辽东主持大局了。
这个消息不啻是一颗重磅炸弹，一下子点爆了群臣对皇帝的不满之情。以东林党为首的言官们对朱由检不打招呼就擅自出京的行为极度不满，甚至拿朱由检与贪图嬉戏、擅自出京玩乐的武宗朱厚照相提并论。他们天天堵着宫门指责秘书处故意隐瞒消息，耽误国家大事。梅剑等人成了他们的出气筒，整日被指着鼻子斥骂。这些柔弱女子哪见过这种场面，无不吓得花容失色，甚至当场被骂得泪水涟涟。
这还只是不掌管具体朝政事务的言官，六部官员更是怨声载道。过去有太监，批红权握于太监之手，皇帝懒政，朝廷还能正常运转；可现在朱由检废除太监，将批红权收归自己手中，秘书处只是负责整理奏章，可没有决策的权力。二十多天下来，各地奏章全都滞留宫中，如今已是堆积如山。
内阁那几位老兄倒是不着急，他们心里清楚得很，反正自己也要下课了，皇帝在时，还不得不做一天和尚撞一天钟；现在皇帝都没影了，他们更是当起了甩手掌柜。
六部尚书却承受了巨大压力。尤其是吏部尚书孙承宗、户部尚书王在晋和兵部尚书袁可立，由于他们平时对朱由检颇为维护，此时也成了众矢之的。孙承宗跟着皇帝走了，眼不见心不烦倒还好些，那二位就有些狼狈了，就连袁可立的学生黄道周，也指责恩师平日对皇帝过于纵容，才导致皇帝如此率性妄为，袁可立是有口难言。
从飞鸽传书转来的急奏中，朱由检也大略了解到，大明的局势并没有因为新君登
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