十七座城门，以防叛军反扑。
其次，他派出各营的侦察排渡过嘉陵江和长江，在离重庆城十里的范围内布下多处岗哨。因为重庆的雾实在是太大了，叛军就是吃了这个亏，李来亨当然不会犯同样的错误。只要敌兵来袭，侦察排发现后，可以立即举火为号，秦兵就会有所准备了。
第三，收敛双方阵亡将士的尸首。对于秦兵阵亡将士，当然是要用棺木妥善盛敛，待战局平定后，运回故乡隆重安葬。
对于叛军的尸体，因为秦兵统计战功从来不用首级，所以这些尸体的存在，实在是一个不小的麻烦。若刨坑掩埋，还得费时费力，留着又容易传播瘟疫。李来亨倒也痛快，让秦兵将这些尸体堆在一起，一把大火烧了个精光，重庆百姓见了无不拍手称快。
第四，就是处理内政了。秦兵进城后首先出榜安民，让老百姓各司其业。然后在百姓的告发下，抓了一批投靠叛军的人，这其中还包括不少重庆府原来的官吏，甚至还有一个正六品通判。李来亨将这些人和被俘的叛军一起囚入大牢，请旨后再做处置。
与此同时，李来亨也请傅宗龙代为清点各处府库。因为秦兵的突袭非常成功，叛军什么物资都没来得及转移，粮草堆积如山，银库中还存有两个月以来搜刮的五十多万两银子，傅宗龙依例全部暂时封存。当然，粮食就不能省着了，除了秦兵再也不用发愁吃饭问题外，还赈济给了城中穷苦百姓一些。
第五，尽快与李定国部取得联系，并用飞鸽传书把收复重庆的消息立即传回京师。
三天以后，李定国的大队人马也抵达重庆。他们由于要等着纤夫把马匹拉过三峡，耽误了好几天时间。因为江水湍急，还翻了几艘船，损失了将近一百匹战马。当然抵达奉节以后，路程就比较顺了，骑兵有了马匹如鱼得水，很快就赶到重庆。
二将合兵一处，加上陈天工和傅宗龙，商议下一步如何行动。陈天工首先道：“圣上希望二位将军能速战速决，如今大军从京师出发不过一个月的时间，就收复了重庆，这个速度已经很快了。现在将士们太过疲劳，无论如何也要在重庆休整几天，还望二位将军认真考虑。”
傅宗龙也道：“重庆虽然收复，附近各县可能还有叛军盘踞，学生以为应先将这些近敌肃清，然后再图进取。”
李定国点点头道：“二位大人说得很有道理。如今我们第一步已经成功，占领了重庆，则将永宁与水西叛军拦腰截断，使其首尾不能相顾。我料围攻成都的奢崇明得到消息后，肯定会无心再
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