两个多月以来转战数千里，几乎每天都在急行军，多次战斗中也减员了一千多人，必须立即休整，否则就会累垮。
尤其让朱由检感到焦虑的是，李定国与一些秦兵感染上了疟疾！做为一个穿越之人，朱由检当然知道疟疾的厉害。这是一种通过蚊虫叮咬传播的恶性传染病，本身这种忽冷忽热的症状已经让人非常痛苦，反复发作后还会导致贫血，最终致人死亡。在没有抗生素的这个时代，如果爱将李定国被这种可恶的传染病击倒、甚至失去生命，无疑是朱由检的重大损失，所以必须让他马上返回京师，先把病治好了再说。
第三，则是朱由检对贵州、四川等地土司的深层思索。毫无疑问，叛军都是彝族等少数民族，他们参与了叛乱，但罪魁祸首是安邦彦和奢崇明，其余大多是被蒙蔽和裹挟。现在这两个人已经死了，如果把永宁和水西叛军斩草除根，固然也是一法；但彝人也是大明子民，官军又不是女真人、蒙古人那样的野兽军队，不可能实行全族屠杀政策。
如此一来，就会在彝人心中埋下深深的仇恨。虽然这次叛乱被镇压下去，可是几年、十几年以后，当这些被杀叛军的后代渐渐长大，他们会不会在仇恨的驱使下再次叛乱？
所以朱由检决定攻心为上。他公开降诏，并立即给重庆、成都、毕节等地飞鸽传书，做出以下决定：一，将消极避战的四川巡抚刘汉儒革职，成都知府朱燮元暂时署理四川，陈天工则暂时署理重庆府。二人要尽快恢复当地秩序，让逃难的百姓返回家乡，必要时可与接管蜀王府的锦衣卫商议，暂借蜀王府中粮饷赈济灾民。陈天工还要扼守住奉节，严防流贼从峡江道突入四川。
二，前任贵州巡抚王三善遇害后，贵州巡抚一直空缺。朱由检在毕节设毕节府，一方面是为“改土归流”做铺垫，另一方面也破格提拔傅宗龙为正四品毕节知府，给了他一个合适的身份。然后让傅宗龙暂时署理贵州。
而军事方面，令秦良玉率白杆兵驻于毕节。对于水西残敌，暂时不予追剿，而是给他们三个月的时间投降。只要能主动投降，除了犯有滥杀、奸银妇女等重罪者外，一律既往不咎，仍可为民。如果过了限定时间仍不投降，则由白杆兵坚决予以剿灭。
三，四川、贵州因为兵灾，不但免除一年的所有赋役，朱由检还从内帑银中拨出一百万两，专门用于赈济灾民、恢复生产、重建家园。
四，对于各土司温言抚慰，包括起兵叛乱的永宁土司与水西土司。将叛乱之罪归于安邦彦和奢崇明二人，不株连其家人，
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