守义去做。
包括李定国等将领在内，谁也不理解朱由检为什么要给一支部队安排两位主将。尤其缑明显和李守义这两人都是独当一面的将才，现在两个人才带一支新军，似乎稍有浪费之嫌。
只有朱由检自己心里清楚，他是在借鉴前世我军的“政委”制度。古往今来，任何一位统治者都知道用军队维护自己的统治，然而恰恰是军队最容易发生叛乱，好像这些君主是在自掘坟墓一般。究其根本原因，就是这些君主只知道用金钱和利益来笼络将领和军队。而眼里只有利益的军队是没有灵魂的，只要有人出价更高，或是领军将领意图谋反自立，这支军队就必然会毫不留情地叛乱，让君主之前所有的投资都打了水漂。从古至今，这样的例子数不胜数。
而政委制度则是我军借鉴了苏联红军，并结合自身特点创立的，其最突出的特点就是确立了党对军队的绝对领导权。现在朱由检又把这项制度“穿越”过来，同样希望能把大明军打造成一支有灵魂的部队，让每一个普通士卒知道是为自己、为家庭、为民族、为国家而战，而不是为了粮饷和功劳而战。
这样的军队永远不会背叛民族、背叛国家，即使个别将领出了问题，也会遭到官兵的一致抵制，无法调动军队为祸。之前组建秦兵时，这个问题还不算急迫；现在要进行全**制改革了，朱由检当然要把这项他认为至关重要的内容加进去。不光是新军，就算是秦兵的老部队，以后同样要增加“政委”这个角色，只不过要换成“指挥使”这个易于理解的名字罢了。
朱由检对师长和指挥使的分工做了明确规定。师长为军事上的主官，作战时拥有指挥权，平时负责训练、后勤、行政管理；指挥使为政治上的主官，平时负责思想工作，作战时辅助师长。一旦师长因故不能履职，则指挥使可以暂代师长行使指挥权。待建制确立后，下级建制也要设立“政委”，直至连队。
至于大明军的建制，这个就简单了。有了秦兵的成功经验，朱由检继续照搬现代军队的建制，在师以下，设团、营、连、排、班五个等级。
班至连采用三三制，每班十人，三班为一排，三排为一连，一个连约有百人。一个营下辖四个连及一些直属排、班，约为五百人。一个团下辖四个营，约为两千人。师下辖三个团，满建制为六千多人。因为兵员素质太低，装备又差，这个第一师是纯步兵师，只配了很少的战马和少量火器，近期的任务只有两个，一是尽快满编，二是守卫洛阳。
为了打响军制改革的第一炮，
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