进入河道，只好在入海口等待潮水的涨起。白天水师惨败的满剌加国相并不甘心失败，孤注一掷进行垂死挣扎。
当天夜里，满剌加王国敦墨太希首相组织了强大的抵抗，趁夜他亲自组织独木舟向海岸边大明舰队，发起了人海战术，由于风高月黑，无法看清敌人的船只。为了避免不必要的损失，朱厚炜下令舰队向外海撤退。
五月十三日，趁着潮水大涨，大明舰队冲进马六甲河，朱厚炜又组织了进行了二波攻击，成功占领了马六甲大桥，接下来他们又占领面向马六甲河、依山建立的满剌加王国都城与清真寺。
中午的时候，已经绝望的马末沙苏丹令其王子派出二十头大象为先锋，率领六千士兵朝着只有五百人的大明海军陆战队发起强攻，企图阻上大明人的攻势。
可在大明军队火炮和步枪超远程的打击下，大部分进攻部队很快就溃退下去。但哪个民族都有勇士，一支由回教信徒组成的御林军就表现出了他们的血性。
在满剌加王子波沙的率领下，御林军战士悍不畏死冲向大明防线，直到最后一人倒下，其中就包括那位勇敢的王子。
当时的场景，让朱厚炜心中很是感慨。他想起了后世大清与八国联军在八里桥的作战，那只大清最后的铁骑也像这样飞蛾扑火一般冲向敌人的阵地，最后还是免不了失败。伟人说的对，落后就要挨打！这是个永恒不变的真理。
激战到黄昏，全歼了三千多人的满剌加御林军后，满剌加终于彻底崩溃了！从这一刻开始，敌人再也组织不起像样的进攻。黑夜降临后，大明海军陆战队终于占领了大桥两侧的制高点。
五月十五日，沿着马六甲城街道，大明海军陆战队并排清除来自各方的零星抵抗。满剌加苏丹马末沙见大势已去，黯然丢下富甲一方的马六甲城，马六甲围城战以大明帝国歼敌一万两千人，自身仅伤亡十一的悬殊胜利而告终。
垂头丧气的苏丹马末沙率领残余退到巴莪，向各个苏丹发出命令，妄图卷土重来。谁料到树倒猢狲散，满剌加王国下属的各个苏丹见事不妙，纷纷宣布保持中立，并派出使节与大明和谈。
雪上加霜的是，满剌加王国敦墨太希首相突然发动了兵变，废除了马末沙苏丹，自命为敦墨太苏丹，他代表满剌加王国发出布告，承认本国战败，向大明舰队派出了使节展开和谈。
攻陷马六甲城前，朱厚炜就下达了禁止抢掠民间的命令，这条命令得到了很好的贯彻，进城的士兵对本地居民秋毫无犯，并不像其他军队一
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