1504年7月，阿尔布克尔克回到葡萄牙，受到葡萄牙国王曼努埃尔一世的款待，并且在1506年派遣Trist??o da Cunha指挥的十六艘战舰的舰队前往印度时，任命他担任其中五艘战舰的指挥。
他们对非洲东海岸的阿拉伯城市进行了一系列成功的袭击，后来阿尔布克尔克与Trist??o分开，带领他的舰队前往当时东方主要的商业中心之一，波斯湾中的霍尔木兹岛。
1507年9月25日，他们到达那里，迅速地获得了岛屿的所有权，不过未能长期占有，霍尔木兹战役的失利导致了他的失败。但是他在霍尔木兹岛上建起了葡萄牙城堡。
如今，他的舰队又增加了三艘船，这国王已经授权他取代葡萄牙驻印度总督达·伽马伯爵的任命，他正式成为葡萄牙人在印度的最高指挥官。
阿尔布克尔克上任后，打算支配***教世界，控制香料贸易网。因此这次他是打算去攻占马六甲海峡，在那里找一个据点，控制这个海上的通道。不料途中遇到了这只奇怪的舰队。
正在这时，弗朗西斯科上校突然说：“总督阁下，对面放下了一艘小艇，上面有十来个人。他们开始转向了。这三条船真的很漂亮，不是吗？”
阿尔布克尔克突然冒出一句话：“弗兰西斯科上校，你觉得这就是传闻中的东方无敌舰队吗？”
“鬼才知道！”弗朗西斯科上校耸耸肩，不屑的说道，“总督阁下，请您原谅！不要相信那些谎言。我不敢相信这个世界上还有比葡萄牙更强大的舰队。东方人以讹传讹，想要吓唬我们罢了。虽然这些船很漂亮，也不过是些漂亮的木头。”
“上校，好吧，也许你是对的！他们就是华而不实的木头。不过那三条巨舰的确很漂亮，真希望能上去看看。嗯，那条小艇上的人好像在向我们招手，不对劲，那些人怎么看上去是葡萄牙人？哦，上帝！真的是葡萄牙人！”
阿尔布克尔克总督立刻下令舰队靠过去，等小艇上的人上来后，所有人都目瞪口呆，仿佛是见到了鬼。阿尔布克尔克总督也惊讶的合不拢嘴，他看着眼前皮肤黝黑的达·伽马，疑惑的问道：
“哦，上帝！真是难以置信。达·伽马伯爵，您还活着。真的是你吗？我们都以为你死了，国王还为此伤心不已。”
达·伽马无奈的耸耸肩，揶揄道：“阿尔布克尔克先生，很遗憾，恐怕让您失望了！我还活着。看样子您有些失望。听说你已经取代了我，成为了新任的印
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