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这批做工精良的火绳枪让清右卫门尤其动心，没费多少口舌，双方就达成了协议。有读者问：这怎么可能？五十年的开采权，就换回来这些东西。这清右卫门是不是有点傻呀？其实这和当时的日本刚刚进入战国时代有莫大的关系。首先，石见银山现在还没有得到有效的开发，每年的产量很低。
其次，刚刚进入战国时代的日本天天都在打仗，今天你还是个大名，明天你就可能是阶下囚。各个领主有很强的危机感。对于一个领主来说，没有强大的武装，就无法守护自己的领地。即使拥有银山，又能如何？只会便宜了其他强大的领主。
时间进入十五世纪中期，即日本室町幕府后期，四职之一、身兼三国守护的赤松满佑因在京都自宅刺杀幕府将军足利义教而遭到亦为四职家之一、身兼五国守护的山名宗全率领之部队讨伐并平定。战后幕府以山名氏平乱有功将赤松氏所属之三国守护授与山名氏。势力成长到八国守护的山名氏一跃成为西国的一大势力。此时三管领之一，身兼八国守护和和泉半国统治权的细川氏面对山名氏的崛起，决定采取联合山名对抗同为三管领的田山氏的政策。
但随着田山氏的衰退，两家之间的冲突也浮现出来，尤其在三管领之中的斯波氏和田山氏两家陆续发生继承问题后，双方对立更加严重。一直到将军足利义政长子足利义尚诞生引发继承风波后，在应仁元年（1467年）1月17日，应仁之乱爆发，各守护分别选边支持，形成东军细川联军与西军山名联军的大混战。
战事一开始，由于东军争取到天皇与幕府将军支持，且聚集了相对优势的兵力，因此开战头几个月可说是占尽优势。
可是到了同年七月，日本的”中国”地方四国守护大内政弘率领万余援助西军后，整个战况顿时改观。加上西军决定拥立将军足利义政之弟足利义视与京都当局相抗衡，让整个战局陷入胶着，日后更扩大为全日本的大混战。随着两军领袖相继去世和幕府将军继承纠纷解决后，两方决定和解，应仁之乱正式宣告结束。虽说应仁之乱后幕府的影响力大幅丧失，可是历任幕府将军仍试图改变整个局面。
不但多次讨伐邻近的细川氏、六角氏等大名，还屡屡颁布争讨令令诸国大名对抗各地方对京都当局具影响力的国主。毕竟这已经不是将军强势的时代了：将军的诏令除了作为大名夺权的工具外，几乎无人愿意服从。
到了1493年，将军足利义材亲自讨伐细川氏，反而遭到细川氏策动京都当局罢免其将军职位
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