这些地方纳入瀛洲总督府的直接控制。至于天皇一族，王阳明毫不客气地罗织罪名举行了公开审判，以战争罪判处天皇死刑，并将其他皇族人员判处流放苦兀岛。
王阳明没收倭皇家族资产，包括内记所、紫宸殿、清凉殿等古权力部门的建筑物，全部收归蠃州总督府所有，同时在占领区开始了土地改革，实行均田制，很快就受到了底层农民的欢迎，各种叛乱和治安事件逐渐减少。
对京都居民中的手工业者，他全部安置在工坊区，开办各种各样的工坊，招募闲散的劳动力修缮道路和水利设施。基本上做到了人人有工作，人人有饭吃。他还安抚了投诚的堵公家、寺庙、神社的现有领地“当知行”，尊重他们的利益所求。就这样一手硬、一手软的政策下，很快安定了占领区的人心。京都地区逐渐繁荣起来，大明军队受到了来自饱受长期争战和社会秩序混乱之苦的上下各界的欢迎。
正德七年后，王阳明又废除关所和拓宽道路既有利于战事，也帮助了大城市中正在形成势力的商家。商人之受益，还因为最近纳入瀛洲总督府统治下的美浓国、伊势国和中央的近江国，这些地方构成的是一条命脉，是连结远国和畿内的输送网络。
王阳明还废除了“市”（市场）和“座”（行会）的一部分特权，允许自由市场（乐市）和自由行会（乐座）。他保证商家旅行的自由以及无妨碍地做生意。
当商家被纳入总督府的直接支配下时，总督府免除了公家、寺院、神社和过去那些领主加在他们头上的赋税。这些赋税包括市场税，营业税，城市居住税，财产税，还有一堆以回报统治者保证其经营权为名目，作为“谢礼”征收的费用。
王阳明这样做，就是打算分化日本各阶层，分而治之。在总督府寻求把商人们从这些巧取豪夺中解放出来时，他也在尝试着将商业活动集中到新建的总督府城下町里。王阳明的新京都城下町政令反映了这些城市政策。
对商户迁至就京都城下的解释是总督府准备调整主干道中山道，使之贯穿城市。管理刑罚和收债的新法令为商业成长提供了更好的环境。另一方面，王阳明保证并确认了传统的工商业中心，京都、堺及其它畿内城市里商座和匠人行会的特权。王阳明的意图是利用这些行会控制商业和手工业，这些组织本就是这两个行业的支配者。
在总督府的管辖下，王阳明拉拢一些豪商为其所用。此时千利休，小西隆行，神屋宗兴，岛井宗室和其他来自堺、博多等地的豪商领袖，都以不同的方式跟新政权
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