有了谱，这绝对是鼠疫！虽然心情紧张，但他没有惊动病人。安慰了几句后，然后离开了病房。
刚走出病房，他立刻命令自己的秘书通知所有的医生到他的办公室召开紧急会议，同时他疾步朝着自己的办公室走去，他必须立刻通知总督府衙门，立刻布置全程防疫工作，噩梦已经降临了！
刚进办公室，还没来得及打电话，秘书就匆匆赶来，他手里拿着一封电报：“上面有您一份电报。”
电报是玛岛港务局发来的，报告的内容正是港务局局长向他报告：这两天，港务局有很多工作人员出现剧烈的疼痛性红色丘疹，皮肤上会出现血性水疱。有些患者会出现高热的症状，同时伴有淋巴结肿大、剧烈疼痛、咳嗽、胸痛、咳痰带血等症状。港务局长在电报中请求医疗支援。
看完电报，庞宪已经是汗如雨下，他已经敢肯定，噩梦真的来了！繁华无比的巴拿马将经历一场劫难……
巴拿马总督朱翊淦接到报告后，第一时间命令庞宪成立了防疫机构开始工作。巴拿马防疫机构叫巴拿马总督防疫会，于翌日1571年5月17日成立，下设防疫卫生队、调查团、检疫所、传染病院、隔离病院、掩埋队等办事机构，人员九十三人。
科隆是巴拿马第一个成立防疫机构的县城，因为玛岛港是这次鼠疫暴发的中心地区，而玛岛港当时属于科隆县。科隆的防疫机构有县防疫总局、玛岛防疫局和海岸警卫队防疫局。整个巴拿马防疫机构六百多处，人员三千六百九十三人；巴拿马防疫总局是巴拿马防疫总机关，另外还有巴拿马城防疫事务所，专管本城防疫。
在成立防疫机构的前提下，总督府还采取了一系列措施，所有的驻军部队被动员起来，参与防疫工作。预防和制止鼠疫的继续蔓延，譬如关闭巴拿马运河，隔断交通、隔离病人及疑似病人、对各疫区严格消毒、同时改革印第安人不良饮食卫生习惯等等。
巴拿马总督府下辖五十多个县镇专门设立了临时医院和隔离场所，内设病房，设备齐全，凡患鼠疫者和疑似患者皆可送入治疗、隔离，以免传染他人。同时在巴拿马辖区实行火葬制度。
然而，在此后的几天里，形势变得愈发的严峻了。死老鼠数目与日俱增，每天防疫处清晨收集的也越来越多。自第四天起，老鼠开始成群结队跑出来死在外面。它们从破旧的小屋，从地下室、地窖、阴沟里跌跌撞撞地鱼贯爬到地面上，在亮处摇摇晃晃，原地打转，最后死在人们的脚边。
夜里，无论在走廊上或小巷
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