于科林斯湾入口处的勒班陀基地，在那里观察战局，并等待伊斯坦布尔的命令。到9月27日，基督教舰队已经在科孚岛港口下锚。现在是做最后决断的时候了。
寻找敌人交战，还是暂停行动。威尼斯人看到他们的科孚岛的惨状，心情更加阴沉。奥斯曼帝国陆军的某些部队因为不能攻克敌人的要塞，又为漫长的作战而恼火，进行了放纵的施暴，并亵渎破坏了基督教神龛，这让意大利人的圣战热情高涨起来。10月初，神圣联盟舰队抵达了希腊海岸的伊古迈尼察。堂胡安对舰队作了最后一次检阅和调整。
事后证明，正是这次调整，改变了战争的结局。堂胡安按照从大明学来的海军编制，将所有的舰队重新编组，并进行了精确的调动。每名船长都完全掌握了作战计划。堂胡安在舰队中穿过，仔细地查看舰船的状况。他经过的时候，士兵们鸣枪敬礼。10月6日黄昏时，天气转晴。当晚天气非常晴好。
“上帝给了我们晴朗的天空和平静的大海，在春季天气最好时也不曾有过这样的天空和大海，”基督徒们回忆道。
第二天，即10月7日（星期天）的凌晨2点，他们的舰队正驶向帕特雷湾。在勒班陀港内，船锚的铁链被叮当作响地收起；奥斯曼帝国战船一艘艘地穿过海湾入口，离开了岸基大炮的保护。凌晨五点半，两只庞大的舰队遭遇，一场前所未有的大海战在帕特雷湾爆发……
10月19日，帕特雷湾大海战的捷报传遍了整个欧洲。钟声敲响，篝火点燃，教堂举行了礼拜仪式。大街上，陌生人之间也互相拥抱。商店店主们在门上贴了“为庆祝土耳其人之死而歇业”的告示，停业了一周。当局打开了债务人监狱的大门，释放因欠债而坐牢的人，并允许人们戴狂欢节面具，尽管这并不是狂欢节的季节。
人们在横笛伴奏下在火炬光亮中跳舞。描绘威尼斯得胜的华美的游行花车以及一长串身披枷锁的战俘在威尼斯的圣马可广场上经过。胜利的消息接踵而至，战争的各个主角对捷报的反应是不同的。根据传说，喜讯传来之前教皇就已经从上帝那里得到了消息。
据说在阿里帕夏在甲板上倒下的那一刻，教皇打开窗户，努力去辨认一个声响，然后转向室内的其他人，说道：“上帝与你们同在；现在不是处理事务的时间，而是向上帝感恩的时刻，因为此刻我们的舰队得胜了。”
为了这个结局，没有人比教皇更努力。使者送来捷报时，这位老人当场跪下，老泪纵横地感谢上帝的青睐。然后对庆祝礼炮挥霍了太多火
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