济实现了利益多元化和经济的发展，农民利益更需要坚固的组织来维护。由朝廷应该专门成立相关的政府组织引导宗族组织向合法化方向发展有着现实的需要。
首先是要加强教育引导。最重要的是要使族规与朝廷的政策法规及村规民约相符合，消除其冲突性和对抗性，淡化族规特立性。以民主（朱厚炜第一次在大明提出了民主的概念）和科学的精神和力量荡涤一切封建的、迷信的、腐朽的、落后的东西，摈弃宗族中的传统思想，消除封建思想的残余，培养和提高农民的科学精神和民主意识。
这个过程中，也不要搞一刀切。要注意区分一般的宗族头面人物和宗族黑恶势力头目，教育引导工作的重点应该放在宗族头面人物身上，这些人往往有思想、有能力、有号召力，可以影响和带动一大批人，教育引导好了，可以起到正面的带头作用，引导他们多为村民办实事、办好事。如果这些人站在朝廷的对立面，则会产生许多消极的影响，乃至破坏地方衙门对农村的控制能力。
其次，地方衙门要注重和谐。这有两个方面，一个层面是政府和宗族之间的和谐：宗族内部或宗族之间有着合作互助的传统，可以利用宗族组织的号召力来推行一些工作，比如修建老人院、学校、道路，建立农村合作医疗等，通过引导其举办公益事业实现宗族的“功能转换”，从内部功能上遏制其消极影响，有利于社会的和谐稳定。另一个层面是宗族间的和谐关系：和谐的族间关系，对宗族本身来说，有利于宗族的稳定和发展，有利于人际关系的构建。
最后一点最重要，那就是强力机关要重点打击不法的宗族势力。农村各项工作的开展，都必须注意到宗族势力的存在，充分考虑到它的影响，对于那些不听朝廷各地方衙门教育和劝解，依旧我行我素进行封建活动，或是阻碍朝廷管辖、纠结械斗的宗族要进行重点打击，把这些宗族的破坏力限制在较小范围内。
朱厚炜强调：要特别警惕别有用心的人利用宗族组织进行非法组织活动，对于已经形成的农村黑恶势力的宗族势力等非法的宗族组织活动必须进行坚决的打击，决不能手软，以免破坏社会安定团结的政治局面，增加社会控制的成本。
万历皇帝和申时行听得频频点头，感觉到今天大有收获。渐渐的也有了一些自己的思路，开始提出一些比较新颖的想法。正当朱厚炜对万历皇帝和申时行侃侃而谈，三个人热烈讨论该如何引导和限制宗族势力的时候，太监李莲英前来报告，说张四维和梁梦龙两人相偕而来，前来给老王爷拜
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