为了避免第三次冲击，美里决定逼得不已时就让这里自爆。
没想到出现了强力的AT立场，俩台EVA都被屏蔽。
碇真嗣和阿轩抵达了中心位置，绫波丽居然也出现在这里。
阿轩发现十字架上的不是亚当而是莉莉丝。
此时初号机击败了好几，并且抓住了阿轩。
阿轩说治一治希望碇真嗣可以阻止二号机。
?不是这样自已就要和二号机一起继续活下去。
碇真嗣问他是为什么。
阿轩说继续活下去是自已的命运，哪怕毁灭一切。
而对于自已来说死和生是等价的，死亡才是自已唯一的自由。
碇真嗣完全听不懂他在说什么。
阿轩却说这是遗言，他说碇真嗣不是应该死亡的从子啊，而微辣才是必要。
随后抬头看了言绫波丽，他告诉顶针是，谢谢你，能够和你相遇，我和你高兴。
终于在漫长的沉默中，碇真嗣杀死了最后的使徒。
碇真嗣来到医院看望明日香。
他对明日香说救救我，然而对方并没有回应。
碇真嗣开始用力晃动明日香。
在这以后，最后一个使徒消灭了，但是还是没有解决境界。
美里坐在车里，她已经知道了所谓的补完计划。
所这是一种将走到尽头的人，进化为单体生物的补充计划。
她觉得上面还会为此利用EVA。
的确如此，上面将希望寄托在莉莉丝的EVA初号机身上。
此时超级计算机被入侵，防御被攻破。
父亲派遣人找到已经不再工作的赤木，委托她抵抗超级计算机的入侵。
美里受到消息，上面已经取消对据点的保护。
目的绝对不是入侵超级计算机那么简单。
这个时候赤木解决了入侵。
计划失败以后，上面决定直接占领。
之后开始了攻击，美里觉得他们的目标是EVA，那么一定会干掉碇真嗣。
随后通知碇真嗣进入初号机，躲避并且将病房中的明日香移动进二号机。
此时没有了绫波丽的终极。
美里下令让碇真嗣进入地下，但紧跟着发现碇真嗣没有在里面。
上面实力强大，据点落入下方。
美里在努力拖延时间。父亲找到了绫波丽。
…。。