众人通过军队重新编制的决定之后，商毅也立刻下令，开始按自己制定的编制方式，对全军进行整编。首先确定了五个团的团指挥部，然后让各团指挥部讨论确定自己的下级军官，然后报到商毅这里来批准。
当然这里面也少不了扯皮拉筋的事情，因为不少人都会被各团部争来争去，毕竟打了这么多仗,谁能打大家心里都基本有数了.比如在守卫穆陵关时从军的王虎，虽然从军的时间不算长,但在数次战斗中，都表现得十分勇猛，因此虽然只被确定为是个排长，但有三个团部都争抢着要他,一直闹到商毅那里去了。
最后商毅也没有办法，只能用抽笺的方式来决定王虎的归属，结果三团幸运的抽中了乐透笺，得到了王虎。后来商毅索性就全用抽笺的方法，确定各个团部挑人的先后顺序。
而就在这时，朝廷的旨意终于下到了登州，要曾化龙带商毅即刻进京朝见。曾化龙收到圣旨之后，也觉得十分奇怪，因为在圣旨中，并未说明对商毅有什么晋升嘉奖，也就是说现在商毅将以一个千总的身份，到北京去朝见皇帝。
原来曾化龙上传到北京的奏本，引起了整个大明朝廷的巨烈震荡，一个小小的千总，在十余万清军南下的袭掠中，虽然独守一座关城，与清军大小进行了十三战，全部获胜不说，斩首竟高达一万七千余级，还收复了二县一府，解救了十余万被清军抓获的百姓。
兵部和朝中的几位内阁大臣看到这一份奏本时，就像是看到天书一样，大眼瞪小眼，仿佛根本就看不懂一样。每一个人心里都在想，这会是真的吗？大明朝莫非真的出了第二个戚继光了,这个叫商毅的千总是何许人也，怎么会有这样的本事?就连崇祯皇帝心里也惊疑不定，心里也不敢相信这里真的，但却又又盼望是真的。
这时内阁首辅周延儒以经顶不住压力，自请到保定、昌平一带督师、抗击清军去了。因此崇祯也无法确实来自山东的消息是真是假，正打算派人去山东察看，这时却收到了沈扬等锦卫衣人员发回来的密信。
因为这时他们一行正在河北一带打探消息，并沒有回到北京。但还是将山东的消息传到了朝廷。虽然在密信中并未详细记录在山东发生的所有战事，但却明确提到守卫穆陵关的千总商毅是一个人材，并且记录了锦衣卫随商毅收复济南的过程。
崇祯看完密信之后，这才信相曾化龙的奏本或许将商毅的功劳有所夸大，但也不算是做假，起码收复二县一府，解救十余万百姓，又在济南挡住清军的进攻，这可都是真的。而就算是
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