来武清伯李伟要修坟，张居正仍然不给，最后内廷出的钱；武清伯粗制滥造弄的棉服这些烂事，也被张居正的内阁直接捅到了御前，让皇帝下不来台。
万历五年二月，大明敕造大隆兴寺佛塔礼成，李太后想要大赦天下，暂免不决之令，遇赦不赦的人，也要暂时不做处决，张居正又带头反对，说：
若弃有德而不用，释有罪而不诛，则刑赏失中，惨舒异用，非上天所以立君治民之意矣。
圣母独见犯罪者身被诛戮之可悯，而不知彼所戕害者，皆含冤蓄愤于幽冥之中，使不一雪其痛，怨恨之气，上干天和，所伤必多。
诸囚罪状，皆灭绝天理，败伤彝伦，则其为害，又不止于一家一人，受其荼毒而已。
独奈何不忍于有罪之凶恶，而反忍于无辜之良善乎？
暂免不决之令，就是死刑不斩，是当年世宗皇帝晚年的一个仁政，主要是为了修仙斋醮，但不是完全不执行，而是从御笔所勾，量行取决，到了后来就变成了姑息之弊的重灾区。
而张居正的这本奏疏，可谓是指着李太后的鼻子骂李太后妇人之仁，尤其是最后一句：圣母是怎么不忍心看到有罪之人要遭受厄运，而忍心看到无辜的良善之辈遭受苦难的？
这一句，直接把李太后给干破防了，气的懵了好几天，佛塔建成、皇帝即将大婚，这少杀止杀，大赦天下，不过是为了表达一个仁心仁政的态度，暂免不决之令，又不是不杀，等到大婚以后再杀也行，结果被张居正指着鼻子骂，一顿数落，骂的要多难听有多难听。
张居正和李太后之间的矛盾，不止于此，李太后信佛，张居正在万历四年，进一步削减了僧侣道士的度牒，甚至到了僧侣道士度牒停发的地步，这一点上，张居正做的很决绝，李太后为此询问过皇帝本人的意见。
朱翊钧解释了其中的内情，停发度牒是为了清丈还田的政令，李太后这才了然其中内情，但是，结结实实的，张居正停发度牒得罪了李太后，你让李太后怎么给佛祖交待呢？
张居正和内廷的矛盾，不仅仅是这些，还有一件事，那就是张居正是大明杀猪人。
隆庆六年，宗室郡王之上，一共有三万人，到了万历五年，宗室郡王以上，就只有一万五千人了，全都被清汰掉了，而且严格遵守世宗皇帝在嘉靖四十一年制定的宗藩条例，郡王以下自谋生路，郡王以上，除了俸禄，两样不给，这也不给，那也不给。
张居正和文人之间的矛盾包括不仅限于，考成法给百官套
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