二年（191）秋，以于毒、白绕、眭固等为首的黑山农民军进攻魏郡（今河北临漳西南）、东郡（今河南山阳郡西南）等地，东郡太守王肱不能抵挡。袁绍派当时正隶属于他的曹操引兵入东郡，借以发展自己势力。
曹操在山阳郡大破黑山军白绕部。袁绍表曹操为东郡太守，改治东武阳（今山东曹县一带）。次年春，曹操又在顿丘（今河南清丰西南）大破黑山军于毒部，在内黄（今河南内黄西北）大破黑山军眭固和正在东郡骚扰的匈奴于扶罗，平定东郡。曹操起兵以来苦无地盘，至此有了东郡这一立足之地。
话说曹操在“十八路诸侯讨董卓”这一阶段，却实是一位难得的热血青年，袁术等人共推渤海太守袁绍为盟主，曹操任代理奋武将军。董卓初战不利，被联军击败之后，逐烧毁洛阳宫室，裹挟汉献帝迁都长安。
战事初始阶段对于诸侯联军可以说极为有利的，然而在董卓退却之后，联军诸人却都吞并酸枣一带，无人敢向关西推进，只有曹操认为董卓“焚烧宫室，劫迁天子，海内震动”，应趁机与之决战。眼见无法劝动诸人，曹操只得独自引军西进，结果在荥阳汴水因兵力相差悬殊，曹操遭遇大败，士兵死伤大半，自己也被流矢所伤，仓皇逃得性命。
回到酸枣后，曹操又建议各路诸侯各守要地，再分兵西入武关，共同围剿董卓。而各路诸侯却各怀鬼胎，眼见董卓已经退走，都在伺机发展自己的实力，甚至相互之间发生火拼，联军已成瓦解之势。
这事一传到荀彧耳中，荀彧大喜，高兴得涕泪满面，三天睡不着觉。汉献帝其实是代表着门阀士族，荀彧是荀氏士族的老大，而曹操在“十八路诸侯讨董卓”之中表现出来的“舍生忘死、一心为公”，全力维护汉献帝这一幕，让荀彧认为曹操才是值得辅佐之明主，在他心中只有曹操才能担得起匡扶汉室的重任，而其他诸侯或许实力要强过后起的曹操，但均是不顾大局，只为一己私利之辈。
所以，荀彧离袁绍而投曹操。曹操见荀彧来投，大悦，说：“这是我的子房啊！”于是任荀彧为别部司马，荀彧时年二十九岁。
当时董卓威凌天下，曹操问计于荀彧，荀彧说：“董卓残暴已经超出常理，一定会因祸乱暴弊，不会有什么作为的。”后董卓派李傕等出关东，虏略各地，至颍川、陈留而归，荀彧乡人多数死于战乱。
荀彧很少随军出征，而是“居中持重”，曹操虽然在外征战，但军国之事都由荀彧调度筹划。曹操问荀彧：“谁能代卿为我谋者？”荀彧说：“荀
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