当然，阮元也逐渐清楚，刘凤诰、任泽和之后，嘉庆要动手惩办之人，就是自己。
果然，这时嘉庆想着仓场之事，竟也开始怀疑起地方督抚，便对各大臣道：“你们看看吧，通州粮仓上报，现在粮仓之内，竟有一半都是次米，这是什么天庾正供，又如何做为百官恩赏之用？！想来次米如此之多，他一个高添凤也成不得这般气候，定是地方漕帮，起运之际，就掺杂了不少次米。传朕旨意，所有有漕直省督抚，一律下去严查漕粮之事！若有旗丁水手盗卖漕粮，以次充好的，都速速上报于朕，若有隐瞒，定当严惩不贷！”
“臣等遵旨！”费淳、董诰等人齐声道。
“遵旨遵旨，你们成日口称遵旨，下面办的实事，究竟又有多少？”嘉庆这时竟是余怒未消，又对费淳道：“费淳，你是大学士，又兼管户部部务，这仓场之事本来也在你职权之内，李钧简庸懦如此，你怎得先前全然不知，更无一语言及于朕？！这黑档之事你办完，就暂时归家自省去吧，户部的事，你不用再管了！”
眼看嘉庆如此恼怒，费淳却也不敢再说“遵旨”二字了。
不过数日，对于李毓昌案、通州黑档案的审理结果，也渐渐公之于众，高添凤及其同伙，所有直接参与偷漏粮米、以次充好、添加药剂之人，一律处斩。李钧简革职等候调用，费淳仅保留大学士一职归家家居。铁保革去两江总督之职，遣戍新疆，江苏巡抚汪日章一并革职，削籍为民，永不录用。两件大案，无论直接参与之人，还是相关高层官员，都一并受到了嘉庆严惩。
这时对于阮元而言，或许唯一的幸事，就是两江总督之位因铁保被革职出现了空缺，嘉庆一时没有合适人选，便临时让阿林保做了两江总督，而改任陕西巡抚方维甸为闽浙总督，阮元一向清楚，方维甸为人清廉能干，对海盗也曾力持主剿之议，有了他坐镇福州，对蔡牵的最后一战，胜算自又多了两成。只是福建方面，如果实行分船隔攻战术，能否配合得当尚有疑虑，是以阮元也联系了张师诚，希望八月之初，张师诚可以到台州一次，自己将与他合议围剿蔡牵之计。
但与此同时，嘉庆要求查办漕帮的上谕，也已经到了杭州，阮元便也向嘉白帮问过了偷漏换米诸事，很快嘉白帮有了回复，帮内规矩从来严明，并无水手胆敢盗卖米粮，每次浙江漕帮起运漕粮，也都能妥速完成运粮之事。阮元想着余得水毕竟和自己也有多年交情，应该不会骗自己，便依嘉白帮所言，对嘉庆上了折子，同时到达圆明园的，还有这一年浙江
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