入夜，自己都亲自指挥船队，坚守河道不动，一连数日，都是直到后半夜才能歇息。但运河漕船也在阮元悉心护卫之下，平安进入了济宁，一路南下微山湖而来。直到这时，岸上才终于回归平静。
事后阮元方才得知，曹县、长垣等地的天理教徒，在一度攻破县城之后，都没有继续守城，而是带了大半人马北上滑县，与李文成合兵去了，留在运河附近的果然只是小股教众，这些人眼看漕运船队行船严整，大批卫兵手持长矛，前后护卫，也果然不敢正面行劫，只得入夜之后趁夜鼓噪，试图引发船队混乱，眼看漕船岿然不动，数日之后，这些人便也散了。阮元准确的判断，成功保护了五千漕船得以及时南归。