以来，至明代而法律大变，轻其所轻，重其所重，我一直以为不然，轻其所轻，则轻罪易犯，重其所重，则多有蒙冤而不能平反之事，其实不便之处甚多。你抚赣之后，自是需要依律断案，可也该参考旧朝之律，取其精华，务使断案之时，精当公平才是啊。”阮元当然清楚，《大清律例》大半沿袭之前的《大明律》，孙星衍以为明律有失，本也是对清律颇有不满之处。
“渊如兄所言，小弟记下了，小弟这次南下江西，自然清楚所断之案，是不会少了。小弟自当详查实情，从轻处断，务使刑案之事，得以公允。”阮元也接受了孙星衍的建议。
阮元又在扬州盘桓了两日，便即与孙星衍和焦循道别，乘船沿江南下，八月之初，便即到了南昌，正式接任了江西巡抚之职。
阮元抚赣之后，很快便即发现了所谓“会党”，原来是余干之地，有一游方闲人胡秉耀，以“反清复明”之名，将当地农户朱 毛俚充作前明后裔，对外空授官职，实则骗取钱财。阮元得讯之后，也当即前往余干清剿胡秉耀一行，很快将他们全部擒获。这时胡秉耀集会不过一年，为之所诱参与其间者不过数十人，全然不成气候，便被阮元剿灭。
紧接着，阮元也相继发现了大规模发动乡民结拜的钟锦泷，假托“天地会”之名，实为勒索百姓，骗取钱财的钟体刚等人，也将他们一一擒拿。眼看阮元上任不过两月，便即多有破获，嘉庆自然大喜，决定加授阮元太子少保，赐单眼花翎。为此，嘉庆也数次告诫群臣，言及去岁林清一案，若能如此早办，何致酿成大事。
对于所擒拿的犯人，阮元也进行了区别处理，虽言明胡秉耀、钟体刚等人有自称“反清复明”，自立“天地会”之事，却也将各人实际的骗取钱财行为在奏折中详加说明，以示“会党”之名不过各人狐假虎威之举，其实则在财货。正因如此，几起“会党逆案”，阮元所擒捕者不过二百余人，胡秉耀一案最重，也只有十七人处了死刑，钟体刚案处决三人，其余各案大多只首犯处死，而江西民间却渐渐安定了下来。阮元也将处决百姓的代价，降到了自己可控的最低范围。