其实沙勿略也是有苦难言，他虽然是耶稣会创始人之一，但已经离开欧洲太久了。二十多年来，他最好的两个朋友……第一任会首罗耀拉已经去世十年，第二任会首莱内斯也于去年回归了天主的怀抱。现在掌权的第三任会首博瓦迪利亚，虽然同样对开拓东方领地野心勃勃，但更希望由自己的人来完成。好借此功劳，实现自己的教皇梦。
所以去年一上台，他便派了自己组织的传教团，前来代替沙勿略的工作。只是由于这些人到中国后，发现对这个庞大世界一无所知，暂时还离不开沙勿略的指引，所以才没有马上宣布会首的命令，而是向沙勿略套取相关的情报。
然后，他们通过沙勿略的几封书信，和对中国南方的一些认知，便自以为了解了大明的政治人情，认为取而代之的时机已经成熟。当他们借由沙勿略的努力，以进贡使团的身份进京后，就当仁不让的接过了主事权，命令沙勿略走皇帝路线，不要被沈默牵着鼻子走。
身为最自律的清教徒，沙勿略无法抗拒会首的命令，只能按照他们说的去做，结果捅了马蜂窝，险些把多年的努力付诸流水。在面临失败的巨大压力下，那些新来的神父不敢再狂妄专行，只得请沙勿略重新做主。
沙勿略重新掌权后，只做了一件事，就是不管付出多大代价，都要取得沈大人的谅解……沈默其实并不怪罪沙勿略，传教士不是白求恩，不可能毫不为己、专门利人，他们来大明的一切行为背后，根本目地就是传教。但沈默为他们大开方便之门，却不是为了让天主的光辉照耀中国，而是要借这些精通科学和哲学的外国人，来为大明的士大夫开启一扇认识世界的窗户。
所以他必须打消他们想走捷径的念头，把他们牢牢地固定在自己划定的轨迹上。在这片东方大地上，双方实力过于悬殊，沈默甚至不需要亲自出手，就能达到自己的目地。对于这位年轻大人的想法，饱览世情的沙勿略自然不会不知，起先他并不甘心被利用，但通过同伴进行试探，已经遭到了毫不留情的打击。
了解到对方的态度后，沙勿略明白了，要想在这里传教，就只能被对方利用，而且还得把差事做好。只有在这个前提下，才能获得传教的自由。但光自己明白没有用，还得让同伴也明白才行。好在没用多久，他的同伴们就发现，仅取得皇帝的信任是没用的，这位年轻的皇帝，并不像与他同龄的腓力二世，或者伊丽莎白女王那样强势。相反，他只在乎自己过得好不好，而把一切政务都交给他的大臣们。所以取得这些大臣的认可，才是最重
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