的压力下，迫切需要一个稳定的领导机构，使格鲁派所有僧众紧紧地团结在它的周围，与敌对的势力作斗争。于是，格鲁派首先采取了让他们的领袖人物转世相承的办法，从而避免内部因夺取领导权而引起的纠纷，得到一个稳固的领导集团。而且由于前后领导人在名义上是一个人，他的社会关系便可以名正言顺地继承下来，他的身分也可抬高到世俗贵族以上的地位，更便于和贵族领主们相周旋。
‘活佛转世’制度确立后，格鲁派的地位终于稳固下来，并在具有高超政治能力的‘活佛’根敦嘉措的领导下，帮助帕竹王族从拉萨赶走了仁蚌巴，并取得了主持祈愿**会的地位。根敦加措还进行了一系列政治改革，使格鲁派的组织更严密，更具有政治影响力。
然而理想还未变成现实，根敦嘉措圆寂，使教派重新陷入危机。这就迫使格鲁派上层决定继续执行活佛转世制度，将挑选转世灵童作为关系教派存亡的大事来办。经过寻访，终于找到了一位理想的幼童，他就是沈默面前的索南嘉措。
根据军情司的细致调查，索南嘉措的俗世家族，与帕竹王族有着密切的关系，而不是格鲁派对外宣称的小农奴主家庭……他的生父在拉萨政权中担任要职，母亲更是帕竹王族的嫡系，且夫妻俩都是格鲁派信徒。
到这时，格鲁派与其他教派最大的区别彻底显现——那就是强烈的政治姓！
当索南嘉措长大诚仁，接任格鲁派领袖时，形势又一次对他的教派非常不利——虽然仁蚌家族被赶下台，然而帕竹政权衰落不堪，另一个豪族辛厦巴家族趁机掌权，这个家族仍然支持红教，不仅把主持祈愿**会的资格还给了红教，还禁止格鲁派僧侣参加**会。
格鲁派再次在拉萨被边缘化。为了生存，他们不遗余力地寻找其政治与军事上的新的保护人和支持者，以期摆脱这种被歧视、排挤甚或夭亡的窘境。但是藏省地区已经没有可以胜任的势力了。
就在这时，俺答汗强势经营青海，其展示的实力，远超过藏区的任何势力，很多藏族的僧俗己归附于他。很显然，格鲁派将寻找后台的目光落在了他的身上……问题是，虽然俺答的儿子，驻守青海的丙兔台吉已经皈依了喇嘛教，俺答对这种宗教也不排斥，但并不允许他在属民中传播。
根据可靠情报，索南嘉措的舅舅阿兴喇嘛，已经秘密到过呼和浩特，求见了俺答，具体的谈话内容不得而知，但结果是俺答将阿兴喇嘛奉为上宾，并派自己的儿子丙兔台吉，邀请索南嘉措往呼和浩特一晤，但索南
…。。