吏科都给事中姚宗文和礼科都给事中周永春原本是打算不但东林党的官员要尽数逐出京城，与东林关系密切的两京官员也要借这次京察或冠带闲住、或降调出京，浙、楚、齐三党要一统朝政，但大权在握的文选司郎中王大智却在最后关头改变了主意，只把六位东林官员列入察疏，而放过了一批与东林党人关系密切的官员，比如左春坊左庶子孙承宗、右春坊右庶子成基命、任户科给事中不满两年的杨涟……王大智解释说如果牵连太广必引起皇帝的反感，下旨取消本次京察也并非不可能，毕竟丁巳京察未获皇帝批示——
姚宗文与王大智争辩良久，但王大智心意已决，吏部尚书郑继之支持王大智，齐党首领亓诗教也未力争，姚宗文只好作罢，现在考察的都是五品（含五品）以下的官员，而翁正春、孙慎行这些四品以上的东林大佬还在等着姚宗文他们去拾遗弹劾呢——
内阁直房的吴道南看了吏部送上来的察疏，轻轻叹了口气，京察是吏部的职权，内阁无权干预，更何况首辅方从哲支持三党主持的这次京察，他吴道南孤掌难鸣，好在三党并未牵连太广，但名列察疏的这六名东林官员看来是保不住了——
三月初六，察疏呈到了万历皇帝面前，首辅方从哲还有一道解释奏疏，历数京察延期的危害，把吏部和都察院不经皇帝批准就举行京官考察理解为忠君爱国，万历皇帝见木已成舟，也无可奈何，于是将察疏批红下发，察疏上的六名东林官员被全数免职，三党取得了京察首场大胜。
皇帝既已批复察疏，就表明皇帝同意举行京察，四品以上的官员就要在察疏批复后的七日内上疏向皇帝述职，这些述职奏疏除了上呈御览。还要向六科给事中和都察院公布，所以官员述职时对自己溢美隐恶是不行的，给事中和御史们这些负责监督的台垣官有权拾遗，所谓拾遗就是帮助官员回忆。诸如任职期间出了什么差错、收了何人贿赂、家人是否枉法，四品以上的高官交际广泛、宗族家人牵连甚多，而且人无完人，总有可拾遗之处，所以一旦被拾遗，这个官员就只有上疏辞职，目下科道官多为三党中人。正多方搜罗那些东林高官的缺点过失，没事也要找点事出来、小过则说成大罪，要借拾遗把翁正春、孙慎行等人尽数逐出京城——
姚宗文知道王大智与张原关系不错，王大智这次的心慈手软或许与张原有关，张原置身丁巳京察之外，暗中为东林张目，搅乱三党的团结，这是姚宗文最恼火的。可是暂时又拿张原没办法，又担心张原在后面的拾遗中再生风波，所以姚宗文建议礼
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