本无法对抗‘矩阵’，飞船坠毁，尼奥面对‘矩阵’提出了计划。
‘矩阵’最后同意了，墨菲的威胁对它来说太大了，毕竟他不可能放弃虚拟世界，饲养的人类需要一个精神世界，这样他们才会在里面沉睡而无法自拔。而‘矩阵’在虚拟世界中无法定位墨菲的位置，即便墨菲就站在那里进行破快，它都找不到墨菲。
于是尼奥再次来到墨菲的面前，他是要牺牲自己，让‘矩阵’可以采取现实中的手段对付墨菲，当然他们不知道墨菲到底是什么，为什么这么强大，但总是无法逃脱一个规律，墨菲是一个程序，他们如此判断。
……
现在尼奥感觉自己快死去了，躺在破碎的地面上，抬头看着天空，墨菲低着头注视着他，“看来你的用处不大了，那么实现一下最后的价值吧！”墨菲开始吸收尼奥了。
尼奥的身躯开始分解，星星点点的被墨菲吸收，崔妮蒂看着一切不停的落泪，先知对她说她会爱上救世主，而她确实爱上了，可惜只有几天的时间。
墨菲吸收了尼奥，还好是虚拟世界之中，尼奥也不过是一些数据罢了，不然真的太恶心了。但是得到的东西确实有些惊喜，尼奥真的在现实中完成了进化，没错就是进化。
信息量很大，不过主要是记忆信息，以及一些尼奥本人无法掌握的大脑异变。人类的大脑真的非常的神奇，里面有无穷无尽的宝藏，可惜人类自身无法开发，只能依靠变异或者刺激，这种情况一般是无法掌握的，只能依靠……意外。
然后尼奥进入虚拟世界的方式让这种意外数据化，成为了墨菲可以掌握的情况，不过危险是依然存在的，另外一点让墨菲无比的郁闷，人类的意识进入虚拟世界需要一个接口，就在脑袋的后面。墨菲会容忍自己的脑后有着这么一个东西吗？
当然是不能，这是现在唯一的困难，在不设计接口的情况下，如何将自己的放在克隆的躯体之中，这点还需要他继续的努力。
“滋啦”身体内部发生了变化，一股强力的能量突兀的在身体中出现，这是‘矩阵’开始进行能量传输了，“不是病毒，而是能量吗？通过尼奥的身体进行能像传输，从而让我过载？”
虚拟世界看似无穷大，可实际上依靠的不过是服务器罢了，再大的服务器都是有限的，而墨菲就在其中的一个部件儿之中，尼奥自我牺牲并不是无用的，最少‘矩阵’找到了墨菲的位置，随后强大的电流集中过来，硬件儿过载，想要从根本上消灭墨菲。
但是，
…。。