“程朱理学”和“陆王心学”的发展，前者代表人物有程颢、程颐、朱熹等，后者则以陆九渊、王守仁等为代表，这些人都是当时主持各大书院的著名学者，书院是他们研究学问和传播学术思想的重要场所，他们的许多学术著作都是南教学讲义整理而来，如朱熹的《四书集注》、《朱子语类》、王阳明的《传习录》、陆九渊的《语录》等，这些讲义立足于儒家经典，却又能脱出训诂，着重从中发掘新的义理，通过对心性与本体、伦理与天道、人与世界等关系的探讨与诠释，把儒学推进到了进行形而上学的本体论思考的阶段。
“鹅湖之会”发生在鹅湖书院，以为学之本应是“道问学”还是“尊德性”的争论为契点，程朱理学与陆王心学开始了全面交锋的历程口]。
正是在这些讲学和辩道的过程中，宋明理学先后经历程朱理学、陆王心学的繁荣，在逻辑结构、价值方向等各方面都改变了传统儒学的面貌。
另一方面，儒学历来以“济世”为追求，作为儒学发展新阶段的宋明理学也借助书院来实现它与政治的结合。宋、明书院培养了大量具有儒家理学思想的儒生，这些儒生在官学尚不完备时期足封建官员的主要来源；一些主持书院的著名学者本身就是封建王朝任命的官员。
随着宋、明中期以后对书院控制的加强，许多书院更是几乎由学术研究和传播的机构沦为生们的仕进工具，在科举制度和官学的渗透和挤压下走向萎缩和变异。
但无论是兴盛还是变异时期，书院教育都力图通过向、王朝输送人才及其学术观点和政治理念，使理学在宋明时期成为强化礼教、维护宗法制度的重要思想支柱。
在吏治败坏、科场腐化的时期，书院还发挥其讽时议政的功能，书院师生不屈不挠地与腐败官吏和封建朝廷进行斗争，宣扬政治改良的会理想。
当然，书院儒学教育的发达不仅仅表现在新学术流派和学术观点的产生上，还表现在区域性学术中心的形成上。
宋明理学按学术思想的不同又分为濂、洛、关、闽四大流派，这四大流派是根据当时学者居住讲学的地域名称来划分的。周敦颐居濂溪，称濂学；程颢、程颐是洛阳人，称洛学；张载曾讲学关中，称关学；朱熹讲学福建(简称闽)，称闽学，四地也因此而成为当时的学术重地。
宋明时期以书院为中心的学术文化比较发达的地区还包括以岳麓书院为中心的湖湘一带，以鹅湖书院、白鹿洞书院为中心的江西，以丽泽书院、茅山书院为中心的江南等。教育
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