和硕特部则在首领固始汗的带领下，于 17 世纪 30 年代率部南迁青海湖地区，击败了当地的藏族部落，控制了青藏高原的宗教与政治权力，成为明末清初青藏高原的主导势力。
杜尔伯特部长期驻守新疆阿勒泰地区，实力相对较弱，始终依附于准噶尔部，参与准噶尔部主导的军事行动与联盟事务。
土尔扈特部则因与准噶尔部的矛盾日益尖锐，在首领和鄂尔勒克的带领下，于 1628 年率部西迁至伏尔加河下游地区，摆脱了卫拉特联盟的控制，但也逐渐陷入沙俄的势力范围，为后来的东归壮举埋下伏笔。
卫拉特蒙古与明朝的联系相对薄弱，主要通过河西走廊的 “茶马互市” 获取中原物资，同时与漠南、漠北蒙古保持着时战时和的关系。
16 世纪后期，卫拉特蒙古与漠北喀尔喀部因牧场争夺爆发多次大规模战争，双方在杭爱山一带形成长期对峙，这也使得卫拉特蒙古未能及时介入漠南蒙古与后金的冲突，为后金征服蒙古创造了有利条件。