定幽、并、凉三州叛乱。董卓大概是此时出任张奂的军司马。永康元年（167年）冬，叛乱的羌人进犯三辅，张奂派军司马董卓、尹端大破之，斩其首领，俘虏万余人。次年，张奂班师回朝。董卓因功拜郎中，赏赐九千匹缣，董卓全部分给下属官吏和士兵。后来，董卓出任并州雁门郡广武令、益州蜀郡北部都尉、西域戊己校尉，因为某事而被免职。约在熹平年间，董卓被司徒袁隗征为掾吏，后出任并州刺史、河东郡太守。 [4]旧主张奂隐居在弘农郡华阴县，董卓派兄长董擢向其赠送一百匹缣，张奂厌恶董卓为人，拒绝不受。
中平元年（184年），黄巾起义爆发。六月，北中郎将卢植被朝廷罢免后，改拜董卓为东中郎将，接管冀州战区事务。董卓放弃围攻张角据守的广宗县，而率主力北上攻打张宝据守的下曲阳县，围攻两月余不克。八月三日，朝廷令左中郎将皇甫嵩北上冀州，董卓被罢免至廷尉受审，判“减死罪一等”。 [5]十二月二十九日，大赦天下，董卓获得赦免。本年冬，凉州发生叛乱，北宫伯玉、李文侯、韩遂、边章等人以“讨伐宦官”为名，进犯三辅。中平二年（185年）三月，朝廷令左车骑将军皇甫嵩领军出征，董卓拜中郎将为副。 [6]七月，皇甫嵩因作战不利而被罢免。八月，朝廷拜司空张温为车骑将军，接管三辅军区事务，执金吾袁滂为副。董卓为破虏将军、周慎为荡寇将军。政府军与叛军在美阳县对峙，张温、董卓初战不利。张温召见董卓，董卓姗姗来迟，张温怪罪董卓，董卓还言语冒犯。张温参军孙坚见状，劝张温趁机杀掉董卓，以此立威，张温不许。
凉州十一月某夜，有流星划过天空，光芒照进叛军军营中，驴马都嘶鸣起来，叛军认为这是不祥的征兆，准备退兵。董卓得知情况后大喜，次日，董卓与右扶风鲍鸿一同出击，大破叛军，斩首数千级。
叛军败回凉州金城郡榆中县。张温派遣周慎率三万人追击，董卓向张温提出领兵接应周慎，张温不许，让董卓率三万人讨伐先零羌。董卓派遣别部司马刘靖率四千人屯兵于安定郡，然后进军，董卓军在望垣县北被羌人、匈奴人包围，军粮不足，形势危急。董卓让士兵在渭水中假装拦水修堤，对外宣称是捕鱼，实际上让军队快速从堤下通过。等叛军发现后，已经追之不及。 [8]当初张温派出有六路人马，其中五路人马，包括周慎都以失败告终，唯独董卓的军队全员班师，屯兵于右扶风。朝廷因功封董卓为斄乡侯，封邑一千户。
中平五年（188年），凉州叛军重新攻入右扶
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