消灭一个同层次文明确实非常困难，更何况像普多拉德文明这样战力超群的文明。
不过最终还是被银河大远航组织消灭了。
担心普多拉德文明还一些达成其个体生命隐藏星空之上，银河大远航组织以银心文明为首特别探测队伍在数千年内不间断巡逻，在数以亿万计的探测器支持下，可以说是对整个后启星河系进行地毯式搜索。
但凡发现一些相关普多拉德文明的蛛丝马迹，大远航组织便立刻出动舰队进行围剿。
曾经有过这样的事。
大约在两千年前，银心文明一个探测小队在搜索过程中发现，有一处暗物质矿丰富的虚无空间内，存在一支大概由一百多艘舰船组成的小舰队，他们在通信静默状态对暗物质矿进行开发利用。
之后发现，那是一个在逃普多拉德文明小舰队，舰队里头大概有几百万普多拉德人，他们打算悄咪咪在虚空中发展恢复。
最后当然被银心文明摧毁了。
还有许多差不多的情况，不过地点不尽相同。
有在某个恒星系的偏僻星系上发现据点的，有在行星地下躲起来的，前者比较容易发现，后者就困难得多了，若是寻常巡逻扫描，只要那些地下设施处于静默维持状态基本发现不了，只有在他们开启设备发展的时候，才会被中微子扫描探测到。
一旦这些隐藏在星球地下的基地被探测到，便会被摧毁。不是派遣军队进行登陆发起地面战争，而是直接在星空中给那颗星球来一发歼星炮，银河大远航组织称之为高效。
也正是因为在打败普多拉德文明之后进行的这场大扫荡，让整个后启星河系都听到了银河大远航组织的威名。
这座星河系除了黑影联盟的老大和一众手下文明，还是有一些六级文明的，只不过之前迫于黑影联盟压力选择苟了起来，这些文明不想加入黑影联盟，也不想被普多拉德文明收割，故而一直苟着。
有一些文明已经因为苟得太久，出现了科技倒退的情况，甚至有的已经变成堕落文明。
这些文明不想被普多拉德文明收割也不想加入黑影联盟，自然也不想在银河大远航组织活跃的时候跳出来，不过还是有几个堕落文明被找到了，倒是让唤醒者欢喜了一阵子。
至于黑影联盟本身，则已经在之前普多拉德文明和银心文明联手下被打散，主舰队被消灭，许多个文明的主体被两个文明俘获，反而是黑影文明在战败之后，趁着当年普多拉德号暗算星河号的混乱
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