起义爆发后，魏长安镇副将元纥率军前往镇压，被击败。
在关中统治摇摇欲坠的情况下，拓跋焘亲自领军征讨，他采取分兵牵制、各个击破的策略，由殿中尚书乙拔将三万骑讨盖吴，西平公寇提将万骑讨白广平，自领主力进攻薛永宗。
在镇压盖吴起义的过程中，拓跋焘对沿途响应起义的各族进行了残酷杀戮，力图以高压政策来扼杀反抗斗争，暴露了其统治者的本性：只从统治者的得失利弊去选择对待百姓的做法，只将百姓视为服务统治者的工具。
水可载舟，亦可覆舟。舟只利用水，却不在乎水。
此时的拓跋焘终于发现了一个很大的问题，北魏的经济、人口、食物全部收不上来，发现全部被其他的杂七杂八的一宗大教利用神权的思想奴隶众人思想，拓跋焘大怒终于觉得彻底将他们杀的一干二净。
为首的就是西汉朝被二货皇帝引入华~夏的佛~~教，北魏太武帝即位之初也是如此。佛~~教在快速发展的同时，也给北魏政权带来了一些不利因素。
由于佛~~教的膨胀，有些佛~~教徒甚至走出佛门，反对北魏的统治，使“王法废而不行”，特别是盖吴起义爆发后，佛~~教僧侣与叛军通谋，企图谋反，这成为其灭佛的最主要原因。
另外，虽然当时寺庙和僧侣的数量还相对较少，但随着寺院经济的持续膨胀和出家人口的不断增加，国家的税源和兵源不断减少。
因为寺院拥有大量的土地，僧侣又不用纳税，且信佛出家者不断增多，限制了人口的增长。
因此，志在统一天下的北魏太武帝拓跋焘，在道士寇谦之、信奉道教的重臣崔浩的影响下，转变了崇~~佛的态度，下令彻底灭净北方之佛。
北魏太武帝拓跋焘的灭佛，前后共有三次大的举动。
第一次是在太延五年，北魏太武帝拓跋焘远征凉州，将三万余户凉州居民迁于京师。因凉州居民世~信~~佛，致使京师沙门大增。
于是，北魏太武帝拓跋焘下诏，将年龄在五十岁以下的沙门悉数罢黜。
第二次是在太平真君五年，因沙门妖言惑众，北魏太武帝拓跋焘下诏禁止王公和百姓私养沙门。
第三次是在太平真君七年，因卢水胡人盖吴在杏城起义，北魏太武帝拓跋焘亲率军队前去镇压。
当军队经过长安时，在一所寺院中发现了兵器，北魏太武帝拓跋焘在查出僧侣与叛军通谋，于是下令诛杀寺中僧人。
随后，
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